一般の医療法人でも寄付を受けられますか？

A. 受入自体は可能ですが、寄付者側の税制優遇（所得控除・税額控除・損金算入・相続税非課税措置）の対象となる医療法人は限定的です。優遇の対象は、社会医療法人のうち一定要件を満たすもの、特定医療法人、公益財団法人立病院、国立大学法人附属病院等が中心となります。自院の位置づけを確認したうえで、寄付者に対して優遇の可否を正確に案内することが誠実な運用です。詳細は国税庁タックスアンサー「一定の寄附金を支払ったとき」等をご参照ください。

不動産の遺贈は受けたほうがよいですか？

A. 一律の答えはありません。換価可能性、維持管理コスト、境界・権利関係の明確性、賃借人・附帯債務の有無などを事前に確認し、受入諾否の判断基準を寄付規程で明文化しておくことが実務対応です。譲渡所得課税の特例（租税特別措置法第40条）の適用可否も、受入前に税務専門家と確認しておくことが望まれます。個別判断は税理士・弁護士への相談を前提としてください。

領収書に「寄附」と「寄付」のどちらを使うべきですか？

A. 表記の統一自体は税制優遇の可否を左右しませんが、法令・国税庁の用語では「寄附金」の表記が用いられるため、税務関連書類（税額控除に係る証明書・寄附金領収書等）では「寄附」で統一するのが一般的です。ウェブサイトや広報物では、読者に伝わりやすい表記を選ぶ運用も見られます。院内の書式・広報物での用字を寄付規程で定めておくと、事務局間の齟齬を防げます。

寄附講座の教員は寄付者企業の従業員でも構いませんか？

A. 大学・設置機関ごとの規程および利益相反管理指針に従う運用となります。多くの機関では、身分の兼務そのものを一律に禁止するのではなく、利益相反の内容の開示、研究の独立性を担保する枠組みの整備、研究成果公表の自由の確保等を条件とする運用が採られています。詳細は各機関の寄附講座設置規程・COI管理規程および日本医学会「臨床研究のCOIマネジメント」関連資料をご参照ください。

寄付の使途を後から変更しても問題ありませんか？

A. 原則として、寄付契約時に約した使途に沿って充当する運用が前提です。事情変更により当初使途への充当が困難となった場合には、寄付者への説明・同意取得のうえで、公益目的の範囲内で使途を変更する運用が一般的とされています。事後の使途変更を許容し得る条件・手続を寄付規程・寄付契約書に明記しておくと、事務局判断の負荷が軽減され、寄付者との信頼関係も維持しやすくなります。

医療機関の寄付・遺贈受入完全ガイド【2026年版・特定公益増進法人/税制優遇/計画的贈与プログラム】

📅公開日：2026-07-10

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医療機関に対する寄付・遺贈は、社会医療法人・公益財団法人立病院・大学病院を中心に、施設整備・研究支援・地域医療振興の財源として広がりを見せています。相続税法上の非課税措置、所得税・法人税の寄附金控除、公益目的事業の税制優遇など、寄付者側・受入側の双方に税制上のメリットが用意されている一方で、要件を満たさない受入や領収書発行・報告の不備は、寄付者の税制優遇を毀損しかねません。受入体制の整備は、医療機関の社会的信用と財務基盤に直結する経営テーマです。

本記事は社会医療法人の理事長・病院広報担当・法務担当を主な読者と想定し、寄付・遺贈の全体像、社会医療法人および公益財団法人の税制優遇、個人寄付の税額控除・所得控除、遺贈寄付の実務、寄附講座、企業からの寄付、受入体制、ふるさと納税型医療支援の動向を、厚生労働省・国税庁・e-Gov・公益法人協会等の公開情報を整理した内容として扱います。個別の税務判断・法律相談は税理士・弁護士・所管官庁・国税当局への照会を前提とし、本記事は制度理解のための一般的な整理にとどまります。

この記事で分かること

医療機関に対する寄付・遺贈の全体像と主な受入主体（社会医療法人・公益財団法人・大学病院等）
社会医療法人・公益財団法人が享受し得る法人税・固定資産税・寄付優遇の基本構造
個人からの寄付における所得税の税額控除・所得控除の考え方と選択のポイント
遺贈寄付（遺言による寄付・相続財産の寄付）の実務フローと相続税法上の非課税措置
寄附講座・寄付研究部門の設置目的・運用ルール・利益相反管理
企業からの寄付における法人税上の取扱い（特定公益増進法人・指定寄附金等）
寄付受入体制の構築（担当窓口・領収書・寄付規程・公表義務）の基本
ふるさと納税型医療支援（ガバメントクラウドファンディング等）の動向

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1. 医療機関への寄付・遺贈の全体像

医療機関に対する寄付・遺贈は、施設・設備整備、高度医療機器の導入、臨床研究の推進、地域医療振興、災害医療体制の強化、患者図書室・院内保育など、多岐にわたる目的に活用されています。受入主体としては、社会医療法人・特定医療法人・公益財団法人立病院・国立大学法人・地方独立行政法人立病院・独立行政法人立病院・日本赤十字社・恩賜財団済生会など、公益性・非営利性の高い法人が中心です。一般の医療法人が寄付を受けること自体は否定されませんが、寄付者側の税制優遇の対象になる法人は限定的であり、この点の理解が受入設計の前提となります（厚生労働省「医療法人制度の概要」関連資料）。

寄付・遺贈のかたちは、現金寄付・不動産寄付・有価証券寄付・物品寄付・遺言による遺贈・相続財産の寄付・生命保険金の寄付など多様で、それぞれ税制上の取扱いと受入時の実務が異なります。特に不動産・有価証券の寄付は、含み益に対する譲渡所得課税の特例（租税特別措置法第40条）の適用要件を満たすかどうかで寄付者の税負担が大きく変わるため、受入前の要件確認が欠かせません（国税庁タックスアンサー関連資料）。

寄付・遺贈は受入側にとって「公益目的の受託資金」の性格を持ちます。社会医療法人・公益財団法人では寄付金を公益目的事業に充当し、使途を公表・報告する運用が前提とされる場面が多く、事務局にはガバナンスと透明性が求められます。安易な使途変更は、寄付者との信頼関係を損なうだけでなく、公益認定の要件抵触につながる可能性もあります（内閣府「公益法人information」関連資料）。

2. 社会医療法人・公益財団法人の税制優遇

2-1. 社会医療法人の位置づけ

社会医療法人は、医療法に定められた要件（救急医療・災害医療・へき地医療・周産期医療・小児救急医療のいずれかを担うこと、同族役員比率の制限、剰余金の配当禁止、解散時の残余財産の帰属先制限等）を満たし、都道府県知事の認定を受けた医療法人です。社会医療法人が営む救急医療等確保事業に係る収益事業について法人税法上の優遇が設けられているほか、収益業務を営むことができる点や、社会医療法人債の発行が可能な点など、資金調達・事業運営の選択肢が広がる制度設計となっています（厚生労働省「医療法人制度の概要」関連資料）。

2-2. 公益財団法人立病院・特定医療法人

公益財団法人が設置する病院は、公益法人認定法に基づく公益認定を受けた法人であり、公益目的事業に対する法人税の非課税、寄付者側の寄附金控除の対象など、税制優遇の幅が広い設計となっています。特定医療法人は、租税特別措置法に基づき国税庁長官の承認を受けた医療法人で、法人税率の軽減等の措置が用意されています。いずれも要件が厳格に定められ、承認・認定後も報告・公表義務が課される点で、社会医療法人と共通する運用姿勢が求められます（国税庁「特定の医療法人の要件」関連資料）。

2-3. 特定公益増進法人

特定公益増進法人は、公益の増進に著しく寄与すると認められた法人で、これに対する寄付は個人・法人ともに寄附金控除・損金算入の枠が拡大される優遇があります。社会医療法人のうち一定の要件を満たすもの、公益社団・財団法人、学校法人、独立行政法人などが該当し得ます。自院が特定公益増進法人に該当するかどうかは、受入時に寄付者へ提示する情報の重要な部分であり、担当窓口が正しく説明できる体制の整備が実務上の要点です（国税庁タックスアンサー「一定の寄附金を支払ったとき」関連資料）。

2-4. 主な受入主体の税制上の位置づけ比較

受入主体	主な根拠	寄付者側の優遇（概観）
社会医療法人	医療法・租税特別措置法	要件充足時は寄附金控除・損金算入の拡大対象になり得る
公益財団法人立病院	公益法人認定法	個人：所得控除または税額控除選択／法人：損金算入枠拡大
特定医療法人	租税特別措置法	個別要件による（法人自身は法人税率軽減の対象）
国立大学法人附属病院	国立大学法人法	個人・法人とも特定寄附金として損金算入・所得控除の対象
一般の医療法人	医療法	原則として寄付優遇の対象外（個別事情による）

3. 個人寄付の税額控除・所得控除

個人が特定公益増進法人・公益社団法人等・認定NPO法人等に寄付を行った場合、所得税において「所得控除方式（寄附金控除）」と「税額控除方式」のいずれかを選択できる制度が設けられています。所得控除は寄付金額から2,000円を差し引いた額を課税所得から控除する方式、税額控除は同じ差引額の40%（上限あり）を所得税額から直接差し引く方式で、多くの給与所得者にとっては税額控除方式のほうが控除額が大きくなる傾向があるとされています（国税庁タックスアンサー「一定の寄附金を支払ったとき」）。

税額控除の適用には、受入法人が税額控除対象法人であること、寄付者が確定申告時に領収書と証明書の写しを提出することが要件となります。医療機関側の実務としては、証明取得・更新、寄付者への領収書と「税額控除に係る証明書の写し」の同封、選択方式の案内が求められます。証明の更新時期を管理する体制がないと、寄付者の控除申告に不利益が生じます（国税庁「税額控除に係る証明」関連資料）。

住民税においても、都道府県・市区町村が条例で指定した寄付先について、個人住民税の税額控除が受けられる仕組みがあります（e-Gov法令検索「地方税法」）。医療機関への寄付が個人住民税の控除対象になるかは寄付者の住所地の条例指定状況に依存するため、案内の際にはこの点を明示することが誠実な運用です。

4. 遺贈寄付の実務

4-1. 遺贈の3類型

遺贈寄付は、大きく「遺言による遺贈」「相続財産からの寄付（相続人が寄付）」「生命保険金の受取人指定による寄付」の3類型に整理されます。遺言による遺贈は遺言者本人の意思で財産の全部または一部を医療機関に贈る方式、相続財産からの寄付は相続人が相続開始後に自らの意思で相続財産の一部を寄付する方式、生命保険金の受取人指定は保険契約の受取人を医療機関にすることで実現する方式です。それぞれ相続税・所得税上の取扱い、必要書類、受入時の実務が異なります（国税庁「相続財産を公益法人などに寄附したとき」関連資料）。

4-2. 相続税法上の非課税措置

相続または遺贈により取得した財産を、相続税の申告期限までに国・地方公共団体・特定の公益法人等に寄付した場合、その寄付した財産は相続税の課税対象から除外される非課税措置が設けられています（租税特別措置法第70条）。ただし、対象となる寄付先の範囲、寄付の期限、遺言による遺贈と相続財産の寄付の取扱いの違い、寄付者の相続人等が特別の利益を受けていないことなど、複数の要件が定められています。受入医療機関としては、寄付者・相続人の申告に必要な受領証明書・受入決定通知等を、要件を満たす記載で発行できる体制の整備が実務上の要点です（国税庁「相続財産を公益法人などに寄附したとき」）。

4-3. 遺言執行と受入決定

遺言による遺贈を受ける場合、医療機関の内部規程に基づく受入諾否の意思決定、遺言執行者との連絡、遺贈財産の名義変更・引継ぎ、事後報告の流れが発生します。特に不動産の遺贈は、登記費用・固定資産税・修繕義務・境界紛争などのリスクを含むため、受入諾否の判断基準（換価可能性・維持管理コスト・附帯債務の有無等）を寄付規程で明確にしておくことが、無用なトラブルを避ける実務対応です。遺贈者本人が存命のうちに、寄付の意思を医療機関側と共有し、目的・使途を書面で確認する「遺贈準備の対話」も、近年少しずつ取り組まれています。

5. 寄附講座・寄付研究部門

寄附講座・寄付研究部門は、企業・団体・個人からの寄付を財源として、大学病院・研究機関に一定期間設置される教育研究組織です。特定の疾患領域の研究推進、地域医療人材の育成、先端医療技術の開発などを目的として設置されるケースが多く、医学部・附属病院を中心に運用されています。設置期間は一般に数年単位で、期間終了後は延長・改組・廃止のいずれかとなります（文部科学省・国立大学法人各校「寄附講座設置規程」等の公開情報）。

寄附講座の運用にあたっては、寄付者の意向と教育研究の独立性の両立、利益相反（COI）管理、研究成果の公表方針など、透明性・独立性を担保するルール整備が前提となります。寄付契約書に「独立性の尊重」「成果公表の自由」「寄付者による研究内容への不当な介入禁止」等の条項を盛り込む例が一般的とされています（日本医学会「臨床研究のCOIマネジメント」関連資料）。

6. 企業からの寄付（法人税上の取扱い）

法人が支出する寄付金は、法人税法上、その支出先の性格に応じて「国等に対する寄付金」「指定寄附金」「特定公益増進法人に対する寄付金」「一般の寄付金」等に区分され、損金算入できる範囲が異なります。国等に対する寄付金と指定寄附金は全額損金算入の対象、特定公益増進法人に対する寄付金は一般の寄付金とは別枠で損金算入限度額が計算される仕組みです（国税庁タックスアンサー「寄附金の範囲と損金不算入」）。

医療機関が企業からの寄付を受ける際は、自院がどの区分に該当するか、寄付者側の損金算入計算に必要な情報（受入法人の種別・証明書番号等）は何かを、受入時点で説明できる体制を整えることが実務上の要点です。また、企業からの寄付が製薬企業・医療機器企業からの場合、透明性ガイドライン（製薬協・医機連の各自主ガイドライン）に基づく公表義務が寄付者側に課されるため、受入側でも公表内容の整合を意識した記録管理が求められます（日本製薬工業協会「企業活動と医療機関等の関係の透明性ガイドライン」関連公開情報）。

7. 受入体制構築

7-1. 担当窓口と寄付規程

受入体制の第一歩は、専任または兼任の担当窓口の設置と、寄付規程・遺贈受入規程の整備です。窓口機能としては、寄付者相談、税制の一般的説明、寄付先目的の案内、契約・受領証発行、受入・保管・執行、事後報告・広報が挙げられます。窓口が複数部門に分散すると、寄付者への説明の齟齬や税額控除証明の未同封といった事故が起きやすくなるため、総務・経理・広報・法人本部のいずれかに集約する体制が現実的です。

7-2. 領収書と証明書の発行

寄付者の税制優遇（所得控除・税額控除・損金算入・相続税非課税措置）の適用は、いずれも法人が発行する領収書・受領証明書・税額控除対象法人証明の写し等を寄付者が保管・添付することが前提となります。領収書には寄付日・寄付金額・寄付者情報・寄付目的・受入法人情報・法人の種別（特定公益増進法人である旨等）を正確に記載し、税額控除の対象である場合は証明書の写しを同封する運用が基本です。年をまたぐ寄付・分割寄付の取扱い、寄付者の名義違い、返礼品を伴う寄付の取扱いなど、細部の対応方針を寄付規程で明文化しておくことが、事故を防ぐ実務対応です（国税庁「税額控除に係る証明」関連資料）。

7-3. 使途報告と公表

寄付金の使途は、寄付者への直接報告と、法人全体としての公表の二段構えで運用するのが基本です。前者は契約時に約した使途への充当状況・事業進捗・成果概要を年次で報告し、後者は事業報告書・ウェブサイト等で寄付総額・主な使途区分・主要事業の実績を開示する運用が公益性の証明として機能します。公益法人・社会医療法人の場合、事業報告書・財務諸表等の公表義務が制度上定められている点にも留意が必要です（内閣府「公益法人information」関連資料）。

8. ふるさと納税型医療支援

ふるさと納税制度を活用した医療支援は、自治体がガバメントクラウドファンディング（GCF）等の仕組みを通じて、自治体病院・公的病院の設備整備・医療機器導入・小児医療・災害医療体制強化などのプロジェクトを立ち上げ、寄付者から広く支援を募る形態が近年拡大しています。寄付者は個人住民税・所得税の控除を受けつつ自治体を通じた医療支援に参画でき、医療機関は自治体との連携で目的別の資金を確保できる構造です（総務省「ふるさと納税ポータルサイト」関連公開情報）。

ふるさと納税型医療支援を活用する場合、寄付金は自治体に入金され、自治体から医療機関への補助金・委託料等の形で交付されるのが一般的で、医療機関側の会計処理・受入手続は通常の寄付とは異なります。返礼品の設定・広告表示・使途報告など、ふるさと納税に係る総務省告示・通知の要件を自治体側が満たす前提での運用となるため、医療機関側は自治体の担当部門と連携し、プロジェクト設計段階から関与することが実務上の要点です。返礼品として医療機関の名を冠したグッズ等を提供する場合、医療広告ガイドラインとの整合性の確認も必要となります（厚生労働省「医療広告ガイドライン」関連資料）。

9. よくある質問（FAQ）

Q1. 一般の医療法人でも寄付を受けられますか？: A. 受入自体は可能ですが、寄付者側の税制優遇（所得控除・税額控除・損金算入・相続税非課税措置）の対象となる医療法人は限定的です。優遇の対象は、社会医療法人のうち一定要件を満たすもの、特定医療法人、公益財団法人立病院、国立大学法人附属病院等が中心となります。自院の位置づけを確認したうえで、寄付者に対して優遇の可否を正確に案内することが誠実な運用です。詳細は国税庁タックスアンサー「一定の寄附金を支払ったとき」等をご参照ください。
Q2. 不動産の遺贈は受けたほうがよいですか？: A. 一律の答えはありません。換価可能性、維持管理コスト、境界・権利関係の明確性、賃借人・附帯債務の有無などを事前に確認し、受入諾否の判断基準を寄付規程で明文化しておくことが実務対応です。譲渡所得課税の特例（租税特別措置法第40条）の適用可否も、受入前に税務専門家と確認しておくことが望まれます。個別判断は税理士・弁護士への相談を前提としてください。
Q3. 領収書に「寄附」と「寄付」のどちらを使うべきですか？: A. 表記の統一自体は税制優遇の可否を左右しませんが、法令・国税庁の用語では「寄附金」の表記が用いられるため、税務関連書類（税額控除に係る証明書・寄附金領収書等）では「寄附」で統一するのが一般的です。ウェブサイトや広報物では、読者に伝わりやすい表記を選ぶ運用も見られます。院内の書式・広報物での用字を寄付規程で定めておくと、事務局間の齟齬を防げます。
Q4. 寄附講座の教員は寄付者企業の従業員でも構いませんか？: A. 大学・設置機関ごとの規程および利益相反管理指針に従う運用となります。多くの機関では、身分の兼務そのものを一律に禁止するのではなく、利益相反の内容の開示、研究の独立性を担保する枠組みの整備、研究成果公表の自由の確保等を条件とする運用が採られています。詳細は各機関の寄附講座設置規程・COI管理規程および日本医学会「臨床研究のCOIマネジメント」関連資料をご参照ください。
Q5. 寄付の使途を後から変更しても問題ありませんか？: A. 原則として、寄付契約時に約した使途に沿って充当する運用が前提です。事情変更により当初使途への充当が困難となった場合には、寄付者への説明・同意取得のうえで、公益目的の範囲内で使途を変更する運用が一般的とされています。事後の使途変更を許容し得る条件・手続を寄付規程・寄付契約書に明記しておくと、事務局判断の負荷が軽減され、寄付者との信頼関係も維持しやすくなります。
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10. 出典・参考資料

厚生労働省「医療法人制度の概要」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/igyou/index.html （取得日：2026-07-06）
厚生労働省「医療広告ガイドライン」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/kokoku/index.html （取得日：2026-07-06）
国税庁タックスアンサー「一定の寄附金を支払ったとき（寄附金控除）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1150.htm （取得日：2026-07-06）
国税庁「相続財産を公益法人などに寄附したとき」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4141.htm （取得日：2026-07-06）
国税庁「寄附金の範囲と損金不算入」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5281.htm （取得日：2026-07-06）
国税庁「特定の医療法人の要件（承認申請）」 https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_10.htm （取得日：2026-07-06）
e-Gov法令検索「租税特別措置法」 https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=332AC0000000026 （取得日：2026-07-06）
e-Gov法令検索「地方税法」 https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=325AC0000000226 （取得日：2026-07-06）
内閣府「公益法人information」 https://www.koeki-info.go.jp/ （取得日：2026-07-06）
総務省「ふるさと納税ポータルサイト」 https://www.soumu.go.jp/main_sosiki/jichi_zeisei/czaisei/czaisei_seido/furusato/index.html （取得日：2026-07-06）
公益財団法人公益法人協会 https://www.kohokyo.or.jp/ （取得日：2026-07-06）
日本医学会「臨床研究のCOIマネジメント」関連公開情報 https://jams.med.or.jp/guideline/coi_guidelines.html （取得日：2026-07-06）

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最終更新日：2026年7月6日｜編集方針