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医療機関はCT・MRI等の高額な医療機器や建物・内装等、多額の固定資産を保有する業種です。これらは取得年度に全額費用計上せず法定耐用年数で費用配分する「減価償却」の対象で、区分を誤ると決算書が実態とずれ税務調査の指摘にもつながります。本記事は国税庁等の公開情報を整理し、減価償却の基本から耐用年数、償却方法、少額資産・リース資産の取り扱い、開業時の計上、税務調査・台帳管理・税理士連携までを取り上げます。
この記事の対象読者：病院・クリニックの事務長、経理・総務担当者、医療法人の理事長・開業医、開業準備中の医師。
この記事でわかること
- 減価償却制度の基本と会計上・税務上の位置づけ
- 耐用年数省令の構成とCT・MRI等医療機器の耐用年数区分
- 建物・建物附属設備・内装工事の耐用年数の考え方
- 定額法と定率法、少額資産・リース資産の取り扱い
- 開業時の資産計上、税務調査・台帳管理・税理士連携
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1. 医療機関における減価償却制度の基本（会計上・税務上の位置づけ）
減価償却とは、固定資産の取得価額を、その資産が使用される期間（法定耐用年数）にわたって分割して費用計上する会計処理です。取得価額10万円以上・使用可能期間1年以上の資産が原則の対象で、土地のように価値が減少しない資産は対象外です（出典：国税庁「No.2100 減価償却のあらまし」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/2100.htm、取得日：2026-09-19）。
会計上は資産の経済的使用可能期間に基づき償却期間を見積もりますが、税務上は「法定耐用年数」で償却限度額を計算し、超える計上分は否認されます。医療法人・個人開業医ともこの考え方が実務の土台です。
| 区分 | 考え方 | 医療機関での主な対象 |
|---|---|---|
| 会計上の減価償却 | 資産の経済的使用可能期間に基づき費用配分 | 決算書・附属明細書上の資産・費用計上 |
| 税務上の減価償却 | 法定耐用年数に基づく償却限度額の範囲で損金算入 | 法人税・所得税の申告における必要経費算入 |
| 対象資産の例 | 取得価額10万円以上・使用可能期間1年以上の有形固定資産 | 医療機器、建物、建物附属設備、内装、車両、器具備品 |
実務上は会計上の償却年数と税務上の法定耐用年数を一致させる医療機関が多く、分けると税務調整が煩雑になるためです。ただし法定耐用年数は税務上の基準で、実際の使用実態とは一致しないこともあり、更新計画は両方を踏まえて検討することが実務的です。
2. 耐用年数省令の仕組みと法定耐用年数の考え方
法定耐用年数は「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」（昭和40年大蔵省令第15号）の別表に資産の種類・構造・用途ごとに定められ、医療機関では建物・建物附属設備・器具備品（医療機器含む）・車両運搬具の各別表が関係します（出典：国税庁「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/shotoku/shinkoku/0912006-496/01.htm、取得日：2026-09-19）。
同じ「医療機器」でも区分によって耐用年数が異なるため、購入時の請求書・仕様書で該当区分を確認し、判断が難しい場合は国税庁の耐用年数表を参照のうえ顧問税理士に相談することが実務的です（出典：国税庁「No.5410 主な減価償却資産の耐用年数表」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5410.htm、取得日：2026-09-19）。
- 建物：構造（鉄骨鉄筋コンクリート造・木造等）と用途により区分
- 建物附属設備：電気設備・給排水衛生設備・冷暖房設備等を個別に区分
- 器具及び備品：医療機器、事務用機器、家具等を細目ごとに区分
- 車両運搬具：送迎用・往診用車両等の用途区分
- 構築物：駐車場舗装・門・塀等の外構工事
実際には20年以上使用する医療機器でも法定耐用年数上は6年で償却完了する区分に分類されることがあり、「税務上の償却完了＝実際の使用終了」ではない点を担当者は理解しておく必要があります。
3. 医療機器の耐用年数（CT・MRI・エコー等の主な区分）
医療機器は耐用年数省令の別表第一「器具及び備品」に細目が定められ、CT・MRI等の電子装置を使用する画像診断機器は移動式が4年、据置型は6年など機種・用途によって年数が異なります（出典：国税庁「No.5410 主な減価償却資産の耐用年数表」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5410.htm、取得日：2026-09-19）。
| 医療機器の区分（例） | 法定耐用年数の目安 |
|---|---|
| CT・MRI等（レントゲンその他の電子装置を使用する据置型機器） | 6年 |
| 同上（移動式・救急医療用・自動車搭載型） | 4年 |
| 超音波診断装置（エコー） | 6年 |
| 内視鏡 | 6年 |
| 消毒殺菌用機器（オートクレーブ等） | 4年 |
| 手術機器 | 5年 |
| 歯科診療用ユニット | 7年 |
本体と一体で販売される制御用ソフトウェアは本体に含めますが、独立したライセンスは無形固定資産（原則5年）とするケースもあります。「移動式」か「据置型」かで区分が変わる点も踏まえ、カタログスペックを保管しておくと後日の判定がスムーズです。
高額な医療機器の導入時は、各年度の減価償却費をあらかじめシミュレーションし資金繰り計画に織り込むことが望ましく、CT・MRIのような大型機器は法定耐用年数経過後も長く稼働させるため、償却完了後の保守・修理費用の負担も踏まえた収支計画が必要です。
4. 建物・建物附属設備・内装工事の耐用年数
病院・クリニックの建物は構造によって法定耐用年数が異なります。鉄骨鉄筋コンクリート造は39年、金属造（骨格材肉厚4mm超）は34年、木造・合成樹脂造は22年など、構造区分ごとに耐用年数省令の別表第一で定められています（出典：国税庁「耐用年数表（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表）」https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shohi/26/03.htm、取得日：2026-09-19）。
| 区分 | 主な内容（例） | 法定耐用年数の目安 |
|---|---|---|
| 建物（鉄骨鉄筋コンクリート造・鉄筋コンクリート造） | 病院・診療所用の本体建物 | 39年 |
| 建物（金属造・骨格材の肉厚が4mm超） | プレハブ系の病院・診療所建物 | 34年 |
| 建物（木造・合成樹脂造） | 戸建て診療所等 | 22年 |
| 建物附属設備（電気・給排水衛生・ガス設備） | 照明・配管等の設備一式 | 15年前後 |
| 建物附属設備（冷暖房設備等） | 空調設備一式 | 13〜15年程度 |
建物本体と建物附属設備は耐用年数省令上は別区分です。新築時に一体で取得しても、「建物」と「建物附属設備（電気設備・給排水衛生設備・冷暖房設備等）」に分けて資産計上し、それぞれの耐用年数で償却するのが原則で、工事請負契約書の内訳明細を保管しておくことが実務的です。
内装工事（造作）の耐用年数は自己所有か賃借かで異なります。自己所有建物の内装は「建物附属設備」として区分しますが、賃借物件の内装は「造作」として区分され、賃借期間が定められ更新の可能性が少ない場合は残存賃借期間を耐用年数とする取扱いもあり、契約内容を税理士と確認することが実務的です。
5. 定額法と定率法の違いと選択のポイント
計算方法には主に「定額法」（取得価額に償却率を乗じ毎年同額）と「定率法」（未償却残高に償却率を乗じ初期ほど大きい）があります。建物・建物附属設備・構築物は定額法限定、機械装置・器具備品・車両運搬具は法人の場合は定率法が原則（届出で変更可）です（出典：国税庁「No.5400 減価償却の方法」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5400.htm、取得日：2026-09-19）。
| 比較項目 | 定額法 | 定率法 |
|---|---|---|
| 計算の考え方 | 取得価額 × 定額法の償却率（毎年同額） | 未償却残高 × 定率法の償却率（初期ほど多い） |
| 各年度の費用計上額 | 毎年ほぼ一定 | 取得初期が多く、年数経過とともに減少 |
| 建物・建物附属設備・構築物 | 強制適用 | 選択不可 |
| 機械装置・器具備品・車両運搬具（法人） | 届出により選択可能 | 原則（法定償却方法） |
償却方法を変更する場合は税務署への届出が必要で、届出をしなければ法定償却方法が自動適用されます。定率法は取得初期の税負担を軽減できますが、開業直後は所得が少なく節税効果が限定的な場合もあるため、資金繰りの見通しと合わせて選択することが実務的です。
6. 少額減価償却資産・一括償却資産・リース資産の取り扱い
少額の資産には簡便な処理が認められています。10万円未満は事業供用年度に全額を損金算入でき、10万円以上20万円未満は「一括償却資産」として3年間で均等償却できます（出典：国税庁「No.5403 一括償却資産の損金算入」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5403.htm、取得日：2026-09-19）。
さらに青色申告を行う中小企業者等（医療法人・個人開業医）は、取得価額30万円未満の資産を年間300万円まで取得年度に全額損金算入できる特例があります。租税特別措置法の時限措置のため、適用期限は税理士への確認が必要です（出典：国税庁「No.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5408.htm、取得日：2026-09-19）。
| 取得価額区分 | 処理方法 | 主な留意点 |
|---|---|---|
| 10万円未満 | 事業供用年度に全額損金算入 | 使用可能期間1年未満の資産も同様 |
| 10万円以上20万円未満 | 一括償却資産として3年均等償却を選択可 | 耐用年数にかかわらず3年で償却完了 |
| 30万円未満（中小企業者等） | 年300万円を上限に全額損金算入の特例 | 青色申告・適用期限のある時限措置 |
リース資産も論点の一つです。所有権移転ファイナンス・リースは自己所有資産と同じ耐用年数で償却し、所有権移転外ファイナンス・リースはリース期間定額法で償却、賃貸借に近いオペレーティング・リースは資産計上せずリース料を都度費用処理します（出典：国税庁「リース取引に関する法人税の取扱いについて」https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/hojin/070330/00.htm、取得日：2026-09-19）。
- 所有権移転ファイナンス・リース：自己所有資産と同様の耐用年数で減価償却
- 所有権移転外ファイナンス・リース：リース資産・リース債務を計上し、リース期間定額法で償却
- オペレーティング・リース：資産計上せず、リース料を賃借料として費用処理
医療機器はリース契約で導入されるケースも多く、契約類型で会計・税務上の処理が異なるため、契約締結時に内容を確認し税理士と共有しておくことが実務上のポイントです。
7. クリニック開業時の資産計上と減価償却開始のタイミング
減価償却費は、資産を取得した日ではなく実際に事業の用に供した日（業務供用日）から計上を開始します。開業準備期間中に発注・搬入していても実際の使用開始まで計上できないため、開業日と稼働開始日が異なる場合は資産ごとに業務供用日を記録しておく必要があります（出典：国税庁「No.2100 減価償却のあらまし」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/2100.htm、取得日：2026-09-19）。
開業準備段階の費用は「固定資産として計上する費用」と「開業費（繰延資産）として計上する費用」に分かれます。医療機器・内装工事等の形が残るものは固定資産に計上し耐用年数に応じて償却しますが、広告宣伝費・内覧会費用等の形が残らない支出は開業費として任意のタイミングで償却できます。
- 固定資産として計上：医療機器、内装工事、電子カルテ・レセコン等のシステム機器、什器備品
- 開業費（繰延資産）として計上：広告宣伝費、内覧会費用、開業前の調査費用等
- 業務供用日の記録：資産ごとに実際の使用開始日を記録し、償却開始時期の根拠とする
- 借入金で取得した資産：取得価額は借入額を含めた総額で計上し、支払利息は別途処理
補助金（IT導入補助金等）を活用して機器を取得した場合、補助金相当額を圧縮記帳（取得価額から補助金額を控除して償却の基礎とする処理）できる場合があります。適用の有無で各年度の減価償却費・税負担が変わるため、受給時は税理士と確認しておくことが実務的です。
8. 税務調査で指摘されやすい事項と固定資産台帳・除却時対応・税理士連携
税務調査で指摘されやすい事項
固定資産・減価償却は税務調査で確認されることが多い項目の一つです。国税庁が公表する法人税等の調査事績の概要でも、資産計上・費用計上の誤りは継続的な着眼点とされています（出典：国税庁「法人税等の調査事績の概要」https://www.nta.go.jp/information/release/kokuzeicho/2024/hojin_chosa/index.htm、取得日：2026-09-19）。実務上よく確認される事項は次のとおりです。
- 業務供用日の妥当性：稼働開始日の記録・証憑の有無
- 耐用年数区分の妥当性：医療機器の細目区分が実態と一致しているか
- 資本的支出と修繕費の区分：改修が資産計上すべき支出か一時費用かの判定
- 私的利用資産との混同：院長個人の私的資産を計上していないか
- 圧縮記帳の適用要件：補助金受給資産の計算・申告書別表の記載が適正か
特に「資本的支出と修繕費の区分」は判断に迷いやすく、故障箇所を元に戻す支出は修繕費として一時費用にできる一方、価値・耐久性を高める改修は資本的支出として資産計上します。金額の大きい工事ほど誤りが指摘されやすいため、工事内訳を明確にした見積書を保管しておくことが実務的です。
固定資産台帳の管理実務
固定資産台帳は、保有資産の取得日・取得価額・耐用年数・償却方法・帳簿価額・設置場所等を一覧管理する台帳です。決算時はこの台帳をもとに償却費の一括計算や申告書の固定資産明細作成を行い、電子データ保存時は電子帳簿保存法の保存要件を満たす必要があります（出典：国税庁「電子帳簿保存法の概要」https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/4-3.htm、取得日：2026-09-19）。
- 登録項目の統一：取得日・取得価額・耐用年数・償却方法・設置場所を漏れなく登録
- 実地棚卸との突合：定期的に実物と台帳を照合し、廃棄済み資産の残存計上を防ぐ
- リース資産の区分管理：自己所有資産と区分して登録し契約満了時期を管理
資産の除却・廃棄時の対応
医療機器・什器等を廃棄する際は、帳簿価額（未償却残高）を「固定資産除却損」として損金算入します。台帳から除却処理しないまま放置すると存在しない資産の償却費を計上し続け、決算書が実態と乖離するため、廃棄物処理業者への委託手続きとあわせて計画しておくことが実務的です。
税理士との連携ポイント
減価償却・固定資産管理は専門的判断を要する場面が多く、顧問税理士との情報連携が鍵です。資産取得の都度、契約書・見積書を共有し早い段階で区分を確認しておけば決算時の修正作業を減らせます。高額な機器導入・改装・リース契約の場面では、発注前に相談し方針を固めることが望ましいとされています。
9. Q&A・チェックリスト
Q1. 法定耐用年数と実際の使用可能年数が違う場合はどうすればよいですか？
税務上の減価償却は法定耐用年数で計算するため、実際の使用可能年数とは一致しないことも珍しくありません。資産の更新計画は、法定耐用年数と、故障頻度・保守部品の供給状況を踏まえた実際の使用可能年数の両方を考慮して検討することが実務的です。
Q2. 開業前に発注した医療機器は、開業日から減価償却を開始できますか？
減価償却は発注日・搬入日ではなく、実際に事業の用に供した日（業務供用日）から開始します。開業日と機器の稼働開始日が異なる場合は、機器ごとに実際の使用開始日を記録し、その日を起点に計算する必要があります。
Q3. 賃借物件の内装工事（原状回復義務あり）はどのように処理しますか？
賃借物件の内装工事は「造作」として資産計上し原則その内装の耐用年数を適用します。契約期間が定められ更新の可能性が少ない場合は残存賃借期間を耐用年数とする取扱いもあるため、契約内容を確認し税理士と区分を判定することが実務的です。
減価償却・資産管理チェックリスト
- 固定資産台帳に取得日・取得価額・耐用年数・償却方法・設置場所が漏れなく登録されているか
- 医療機器の耐用年数区分（据置型・移動式等）を仕様書で確認しているか
- 建物本体と建物附属設備・内装（造作）を区分して資産計上しているか
- 定額法・定率法の選択・届出状況を資産区分ごとに把握しているか
- 少額減価償却資産・一括償却資産の特例区分を正しく分類しているか
- リース契約の種類に応じた会計処理を行っているか
- 資本的支出と修繕費の区分根拠を保管しているか
- 廃棄・除却した資産を台帳から適切に除却処理しているか
10. 次の1ステップ
本記事を読み終えたら、まず「自院の固定資産台帳を確認し、耐用年数区分・償却方法・業務供用日が正しく登録されているかを棚卸しする」という最小アクションから始めることをお勧めします。不一致や疑問がある資産は優先度の高いものから顧問税理士に確認し、高額な設備投資や内装改修を予定している場合は発注・契約前に資産計上の方針を相談しておくことをお勧めします。
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出典
- 国税庁「No.2100 減価償却のあらまし」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/2100.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/shotoku/shinkoku/0912006-496/01.htm（取得日：2026-09-19）
- e-Gov法令検索「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」https://laws.e-gov.go.jp/law/340M50000040015（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「No.5410 主な減価償却資産の耐用年数表」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5410.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「耐用年数表（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表）」https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shohi/26/03.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「No.5400 減価償却の方法」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5400.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「No.5403 一括償却資産の損金算入」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5403.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「No.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5408.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「リース取引に関する法人税の取扱いについて（法令解釈通達）」https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/hojin/070330/00.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「電子帳簿保存法の概要」https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/4-3.htm（取得日：2026-09-19）
- 国税庁「法人税等の調査事績の概要」https://www.nta.go.jp/information/release/kokuzeicho/2024/hojin_chosa/index.htm（取得日：2026-09-19）
免責事項
本記事は国税庁・e-Gov法令検索等の公開情報を整理した一般的な情報です。耐用年数区分・償却方法・資本的支出と修繕費の区分等の税務判断は自院の顧問税理士にご確認ください。関連法令は改定されることがあるため、実務適用時は最新の公式情報をご確認ください。記載内容は2026-09-19時点の公開情報に基づきます。
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mitoru編集部の見解
医療法人の会計・税務は、定期同額給与の3ヶ月ルール、事前確定届出給与の届出期限、分掌変更否認のリスクなど、一般法人と異なる運用が必要です。クラウド会計の導入だけでなく、税理士との連携体制を併せて整えることをmitoru編集部は推奨します。