医療機関の経理コストは、他業種の中小企業と比較して高止まりしやすい構造を持っています。診療報酬請求(レセプト業務)・消費税区分の複雑な仕訳・都道府県届出書類の作成・税理士との連携——これらが積み重なり、経理部門の人件費と外部顧問料が経営上の大きな固定費となります。経済産業省のIT導入補助金制度(2025年度版公開済)や、クラウド会計の普及が後押しする自動化の波をうまく活用できれば、年間数百万円単位のコスト削減も視野に入ります。
本記事では、医療機関(クリニック・病院・医療法人)の経理コスト削減を検討している事務長・CFO・経理担当者の方向けに、コスト構成の実態分析から自動化ROI試算、外注・内製の判断軸、税理士顧問料の相場まで、公開情報をもとに体系的に整理します。税務・会計の具体的な判断については、顧問税理士・公認会計士等の専門家にご相談ください。
この記事で分かること
- 医療機関の経理コスト(人件費・税理士費用・ソフト費用)の構成比と現状
- 自動化・外注・内製それぞれのコスト削減効果と適合ケース
- マネーフォワードクラウドを中心とした主要会計クラウドの比較
- 自動化投資のROI試算モデル(人件費・時間削減・税理士費用削減)
- 外注vs内製の規模別・業務複雑度別の判断軸
- 税理士顧問料の相場と削減交渉のポイント
- 経理コスト削減の失敗事例5件と回避策
- 月次決算サイクル別の必要機能と費用目安・FAQ10問
1. 医療機関の経理コストの現状——人件費・税理士費用・ソフト費用の構成比
医療機関における経理コストは、大きく「①経理人件費」「②税理士・会計士顧問料」「③会計・経理ソフト費用」の3層から構成されます。中小企業庁が2024年に公表した「中小企業の経営支援に関する調査」(chusho.meti.go.jp)や厚生労働省の医療経済実態調査(mhlw.go.jp)が示すように、医療機関では事務コスト全体に占める経理関連費用の割合が高い傾向があります。
1-1. 経理人件費の実態
経理専任スタッフを置くクリニック(有床・無床)や中小病院では、月次決算・レセプト突合・仕訳入力・給与計算・税務申告補助を担う人員が1〜3名程度配置されることが多く、厚生労働省「医療施設調査」(mhlw.go.jp)が示す医療機関の平均給与水準と合わせると、経理人件費は年間240万〜720万円規模になるケースが一般的です。
クリニック・診療所規模(年間売上1億〜5億円帯)では、経理専任担当者を置かず受付スタッフが兼務するケースも多く、その場合は見えにくいコスト(兼務による本来業務のロスタイム)として積み上がります。兼務スタッフが月平均20時間を経理業務に充てていると仮定すると、時給換算で年間30万〜50万円のコスト相当が隠れていることになります。
1-2. 税理士・会計士顧問料
日本税理士会連合会(nta.go.jp関連統計)が示す顧問料相場によれば、医療法人(年商1億〜5億円規模)の税理士顧問料は月額3万〜8万円(年間36万〜96万円)、年1回の決算申告・届出費用として別途20万〜50万円程度が相場とされています。給与計算や社会保険労務士業務を含む場合はさらに加算されます。
個人開設のクリニック(医療法人ではない)であれば月額2万〜5万円(年間24万〜60万円)+決算申告費15万〜35万円程度が目安です。これらを合計すると、税理士顧問料だけで年間50万〜150万円以上の固定費が発生します。
1-3. 会計・経理ソフト費用
会計ソフトはかつてパッケージ型(買い切り)が主流でしたが、2020年代以降はクラウド型(SaaS)が普及しています。クラウド会計の月額費用は機能・規模によって異なりますが、小規模クリニック向けで月額2,000〜5,000円程度、医療法人対応の中規模プランで月額8,000〜20,000円程度が目安です。
| コスト区分 | クリニック(個人)年間目安 | 医療法人(中小)年間目安 |
|---|---|---|
| 経理人件費(専任or兼務) | 30万〜150万円 | 240万〜720万円 |
| 税理士・会計士顧問料 | 40万〜100万円 | 60万〜150万円以上 |
| 会計・経理ソフト費用 | 3万〜8万円 | 10万〜30万円 |
| 合計(目安) | 73万〜258万円 | 310万〜900万円以上 |
上記はあくまで概算目安です。実際のコストは施設規模・業務範囲・地域・税理士との契約内容によって大きく異なります。自院のコスト実態の把握が削減施策の出発点となります。

2. 経理コスト削減の選択肢——自動化・外注・内製それぞれの特徴
経理コスト削減の手段は大きく「①業務自動化(クラウド会計・AI活用)」「②外注化(記帳代行・BPO)」「③内製強化(業務標準化・ツール活用)」の3方向に分類できます。それぞれに適したケースと注意点があります。
2-1. 自動化(クラウド会計・AIアシスト)
クラウド会計の最大の特徴は、銀行口座・クレジットカードのデータ自動取込(API連携)と、AI自動仕訳提案による入力工数の大幅削減です。マネーフォワードクラウド会計・freee会計・弥生会計オンラインなど主要サービスは、医療機関が利用する金融機関の多くとAPI連携しており、仕訳の手入力ゼロを実現できるケースがあります。
自動化が特に効果を発揮するのは「仕訳件数が多い」「定型取引が多い」クリニックです。薬品・消耗品の発注・支払い、水道光熱費、通信費、リース料など定型支払いが多い施設では、一度の初期設定で以後の入力工数を大幅に削減できます。
2-2. 外注化(記帳代行・BPO)
記帳代行サービスは、領収書・通帳コピー等の原始証憑を外部に送付し、仕訳・帳簿作成を委託するサービスです。月額費用は仕訳件数・業務範囲によって異なりますが、月額1万〜5万円程度のサービスが多く、経理スタッフの人件費と比較すると低コストになるケースがあります。
ただし、外注化に適したのは「経理業務のボリュームが少ない」「内部統制よりも費用削減を優先できる」小規模クリニックです。医療法人や複数施設を持つ中規模以上の施設では、情報セキュリティ・機密性の観点から全面外注化にはリスクを伴う場合があります。
2-3. 内製強化(業務標準化・ツール活用)
内製強化は「外に出さず、内部でより効率よくやる」アプローチです。業務フロー・勘定科目・承認ルートの標準化、テンプレート整備、クラウドストレージによるペーパーレス化などを組み合わせることで、専任スタッフの残業・ミス・引き継ぎコストを削減します。
内製強化が効果を発揮するのは、すでにある程度の経理体制が整っている中規模以上の医療法人です。「使いこなせていないツールを整理して標準化する」だけでも、月次決算のスピードと精度を改善できるケースがあります。

3. 主要会計クラウド比較——マネーフォワードクラウドを中心に
ここでは、医療機関での導入実績・対応機能の観点から主要クラウド会計サービスを比較します。情報は各社の公式サイト公開情報(2026年5月時点)を参照しています。具体的な費用・機能は各社公式ページで最新情報をご確認ください。
3-1. マネーフォワードクラウド会計(Money Forward Cloud)
マネーフォワードクラウド会計は、2000以上の金融機関・サービスとのAPI連携実績を持ち、仕訳の自動学習・推薦機能に強みを持つクラウド会計です。医療機関向けには、クリニック・医療法人での導入事例が公開されており、診療報酬収入の科目設定カスタマイズが可能です。
マネーフォワードクラウドは、会計・給与・経費精算・請求書・勤怠管理などを一体運用できる「クラウドシリーズ」として展開されており、経理業務全体のデータ連携が一元化できる点が特徴です。医療機関で多い「給与計算」「交通費精算」「材料費管理」を同一プラットフォームで統合したい場合の選択肢として評価されています。
税理士との協働については、顧問税理士が同一アカウントにアクセスして仕訳確認・修正できる「会計事務所向け機能」が整備されており、データのやり取りにかかるコミュニケーションコストを削減しやすい設計です。
3-2. freee会計
freee会計は、簿記知識がなくても使いやすいUI設計を特徴とするクラウド会計です。現金出納帳感覚で入力できる「取引入力」方式と、AI自動仕訳を組み合わせた操作性の高さが評価されています。個人開設クリニック・小規模医療機関で経理兼務スタッフが使用するケースに向いています。
医療法人特有の会計基準(医療法人会計基準対応帳票)については、freeeの標準機能では対応範囲が限られるため、医療法人での使用には税理士との確認が推奨されます。freee人事労務・freeeサインとの連携でバックオフィス一元化が可能です。
3-3. 弥生会計オンライン / やよいの青色申告オンライン
弥生会計は日本での導入実績が長く、操作方法が安定しているため既存スタッフの習熟コストが低い点がメリットです。弥生会計オンライン(法人向け)は、銀行・カードの自動取込・AI仕訳推薦・顧問税理士との共有機能を備えています。やよいの青色申告オンラインは個人事業主(個人開設クリニック)向けの選択肢です。
弥生は全国の税理士・会計事務所への普及率が高く、すでに顧問税理士が弥生ユーザーの場合はデータ連携がスムーズになる可能性があります。医療法人向けの専用テンプレートは限定的であるため、医療法人会計基準への対応は税理士との協議が前提となります。
3-4. MFクラウド医療機関向け活用と他社比較表
| 比較項目 | マネーフォワードクラウド | freee会計 | 弥生会計オンライン |
|---|---|---|---|
| 金融機関API連携数 | 2,000以上(公式公開) | 1,500以上(公式公開) | 1,600以上(公式公開) |
| AI自動仕訳 | あり(学習型) | あり | あり |
| 医療法人会計基準帳票 | カスタマイズ対応(要確認) | 標準対応範囲限定 | 標準対応範囲限定 |
| 給与・経費との一体運用 | クラウドシリーズで連携強 | freee人事労務と連携 | 弥生給与オンラインと連携 |
| 税理士共有機能 | 会計事務所向け機能あり | 顧問税理士招待機能あり | データエクスポート対応 |
| 小規模クリニック向け月額目安 | 各社公式サイト参照 | 各社公式サイト参照 | 各社公式サイト参照 |
| インボイス・電子帳簿対応 | 対応済 | 対応済 | 対応済 |
いずれのサービスも、2023年10月開始のインボイス制度(適格請求書等保存方式)と、2022年施行の電子帳簿保存法(電帳法)改正への対応を完了しています。医療機関は保険診療分が消費税非課税のため、インボイスの影響は限定的ですが、物品購入・外注費等の課税取引分については適切な対応が必要です。詳細は国税庁(nta.go.jp)の公開資料をご参照ください。
4. 自動化のROI試算——人件費削減・時間削減・税理士費用削減
クラウド会計導入による自動化のROI(投資対効果)を具体的に試算します。以下のモデルは公開情報・業界標準的な前提に基づく参考試算であり、実際の効果は施設の規模・業務内容・運用方法によって大きく異なります。
4-1. 試算前提(クリニックモデル:年商2億円・スタッフ10名)
- 現状:受付スタッフが月20時間を経理兼務(仕訳入力・通帳照合・領収書整理)
- 時給換算:2,000円(医療事務パート相場の中央値水準)
- 月間経理兼務コスト:2,000円 × 20時間 = 4万円 / 月(年間48万円)
- 税理士顧問料:月額4万円 + 決算申告費30万円 = 年間78万円
- 会計ソフト費用(現状):パッケージ型 年間5万円程度
- クラウド会計導入費用:初期設定費(税理士との協働設定)10万円 + 月額4,000円(年間4.8万円)
4-2. 自動化後の削減効果試算
| 削減項目 | 現状コスト(年間) | 自動化後(年間目安) | 削減額(年間目安) |
|---|---|---|---|
| 経理兼務人件費(仕訳・照合) | 48万円 | 15万円(60%削減想定) | ▲33万円 |
| 税理士顧問料(データ整備工数削減) | 78万円 | 63万円(月次工数削減で交渉余地) | ▲15万円 |
| 会計ソフト費用 | 5万円 | 4.8万円(クラウド月額) | ▲0.2万円 |
| 合計削減額(目安) | 131万円 | 82.8万円 | ▲48.2万円/年 |
初期導入費10万円を考慮しても、1年目から38万円超の削減効果が期待できる計算です。2年目以降は初期費用がなくなるため、年間48万円程度の削減効果が継続します。
4-3. 時間削減の試算
月20時間の経理兼務時間が月8時間程度(60%削減)に圧縮されると、スタッフは本来業務(患者対応・予約管理・レセプト確認)に月12時間を再投入できます。クリニックの一般的な窓口対応単価(患者1名あたりの受付業務貢献)を考慮すると、単純な費用削減以上の業務効率化効果が見込めます。
4-4. IT導入補助金の活用
経済産業省の「IT導入補助金2025」(chusho.meti.go.jp)では、クラウド会計・バックオフィスツールが補助対象のITツールに含まれる場合があります(補助率・補助額は公募ごとに変動)。申請は認定IT導入支援事業者経由となるため、導入検討時に各社の支援事業者認定状況を確認することが有益です。なお、補助金の詳細要件・対象ツールは公募年度ごとに更新されるため、最新情報は中小企業庁公式サイトでご確認ください。
5. 外注vs内製の判断軸——規模別・業務複雑度別
経理業務を外注するか内製強化するかの判断は、「施設規模」「業務の複雑度」「情報セキュリティ要件」「将来の拡張計画」の4軸で判断することが実務的です。
5-1. 規模別の推奨方向性
| 施設規模 | 推奨方向性 | 主な根拠 |
|---|---|---|
| 個人クリニック(年商〜1億円) | 自動化+外注(記帳代行) | 専任経理スタッフを雇用するよりコスト効率が高い。クラウド会計で自動化しつつ、残業務を記帳代行に委託するハイブリッド型が多い |
| 中規模クリニック・医療法人(年商1億〜5億円) | 自動化+内製強化 | 業務量・複雑度が増すため専任経理スタッフが経済合理的。クラウド会計で自動化し、スタッフが付加価値業務に集中できる体制が有効 |
| 病院・大規模医療法人(年商5億円以上) | 内製強化+ERPまたは医療専用パッケージ | 複数施設連結・外部監査対応・医療法人会計基準への完全準拠が必要。汎用クラウド会計だけでは機能が不足するケースも |
5-2. 業務複雑度別の判断ポイント
- 診療報酬請求(レセプト)との突合が複雑:レセコン連携・突合機能がある専用ソフトかERPが望ましい。外注代行では突合精度のチェックに手間がかかる場合がある
- 消費税の課税・非課税混在取引が多い:クラウド会計の消費税区分設定を正確にカスタマイズできる税理士との協働が前提。外注の場合は代行業者の医療機関対応実績を確認
- 複数施設・部門の費用按分が必要:部門別損益管理機能が必要。マネーフォワードクラウドの法人向けプランや中規模向けERPが対応
- 給与計算・勤怠管理との連携が必要:バックオフィス一体型のクラウドシリーズを活用すると二重入力を排除できる
5-3. 情報セキュリティの観点
外注化の際に見落としがちなリスクが情報セキュリティです。患者情報(氏名・保険情報)が含まれる原始証憑を外部に送付する場合、個人情報保護法(2022年改正)への対応が必要です。外注先が医療機関向けのセキュリティ基準(ISO 27001取得・医療情報ガイドライン準拠等)を満たしているかを事前に確認することが重要です。
6. 税理士顧問料の相場と削減交渉
税理士との顧問契約は、医療機関の経理コストの中で「交渉余地が比較的大きい」費目の一つです。ただし、税理士との関係は長期的な信頼関係が重要であり、単純な費用削減交渉は関係悪化リスクを伴います。ここでは、費用対効果を高めるための実務的なアプローチを整理します。
6-1. 医療機関向け税理士顧問料の相場
日本税理士会連合会(nichizeiren.or.jp)が公開する報酬基準(参考)と、医療機関向け専門税理士事務所の公開情報を参考に整理した相場は以下のとおりです(2026年5月時点・概算)。
| 施設区分 | 月額顧問料目安 | 決算申告費目安 | 年間合計目安 |
|---|---|---|---|
| 個人クリニック(年商〜1億円) | 2万〜5万円 | 15万〜35万円 | 39万〜95万円 |
| 個人クリニック(年商1億〜3億円) | 4万〜8万円 | 20万〜40万円 | 68万〜136万円 |
| 医療法人(年商1億〜5億円) | 5万〜10万円 | 30万〜60万円 | 90万〜180万円 |
| 医療法人(年商5億円以上) | 8万〜20万円以上 | 50万〜100万円以上 | 146万〜340万円以上 |
6-2. 顧問料を実質削減するアプローチ
税理士への支払い総額を適正化するには、「単価の値下げ交渉」ではなく「業務の切り分けによる業務量削減」が実務的です。具体的には次のアプローチが有効です。
- クラウド会計の導入・整備を自院で行い、仕訳品質を高める:税理士が月次チェックに要する時間が短縮され、顧問料の見直し交渉材料になり得る
- 記帳代行を顧問税理士に依頼している場合は切り分ける:記帳代行(入力業務)はクラウド会計自動化または記帳代行専門業者に移し、税理士には「税務判断・申告・届出」に特化してもらう契約に変更する
- 月次訪問の頻度を見直す:クラウド会計でリアルタイム共有ができれば、月次訪問を隔月または四半期に変更する交渉が可能なケースがある
- 複数の税理士見積もりを取得する:医療機関専門の税理士紹介サービスや、税理士ドットコム等の一括見積もりサービスを活用することで、相場感を把握しやすくなる
税理士との契約見直しに際しては、申告・届出の正確性・税務調査対応の安心感とのバランスを総合的に判断することが重要です。コスト削減のみを優先した結果、税務リスクが高まるケースもあります。税理士への依頼範囲の変更については、事前に現在の顧問税理士と十分な話し合いを行うことが推奨されます。
7. 失敗事例5件——経理コスト削減でよくある落とし穴
経理コスト削減を試みた医療機関が直面しやすい失敗パターンを5件整理します。実際の事例ではなく、業界で共通して見られる典型的な問題パターンをもとに構成しています。
失敗事例1:クラウド会計を導入したが、設定が不完全でAI仕訳の精度が低く、結局手入力が増えた
状況:個人クリニックがクラウド会計を導入したが、銀行API連携の設定のみで終わり、勘定科目のカスタマイズ・仕訳ルール設定を行わなかった。AI自動仕訳の誤認識率が高く、毎月の修正作業に手入力以上の時間がかかるようになった。
回避策:クラウド会計導入時は税理士または経験のある担当者による「初期設定・仕訳ルール整備」に時間を投資する。最初の2〜3カ月は仕訳精度をモニタリングしながら継続的にルールを修正する期間として計画に組み込む。
失敗事例2:記帳代行を外注したが、医療機関特有の消費税区分対応が不十分で、修正申告が発生した
状況:コスト削減目的で格安の記帳代行サービスに切り替えたところ、保険診療(非課税)と自由診療・物販(課税)の区分処理が不正確で、消費税申告に誤りが生じた。修正申告・加算税の負担が発生し、当初想定していたコスト削減効果が相殺された。
回避策:記帳代行業者を選定する際は、医療機関の対応実績・医療機関特有の消費税処理への習熟度を事前に確認する。価格だけでなく「医療機関担当実績件数」「担当スタッフの資格」を選定基準に加える。
失敗事例3:税理士との顧問料値下げ交渉がこじれ、サポート品質が低下した
状況:クラウド会計導入を機に顧問料の大幅値下げを求めたところ、税理士側のモチベーション低下が生じ、月次レポートの遅延・税務相談への回答精度低下が発生。結果として税理士を変更する手間とコストが追加で発生した。
回避策:顧問料の見直しは「業務量の変化に基づく合理的な再設計」として提案する。値下げ要求ではなく「依頼業務の範囲を整理して適正化したい」という進め方が関係を維持しやすい。
失敗事例4:全業務を安価なBPOに外注したところ、内部統制が弱体化し不正リスクが高まった
状況:コスト最優先で経理業務を全面外注化した中規模医療法人で、内部の経理チェック機能が消失した。外注先の担当者交代が頻繁に起き、過去の処理内容の把握・引き継ぎが不十分になった。外部監査で複数の指摘事項が発生した。
回避策:外注化する場合でも、最終確認・承認を内部で行う「ハイブリッド型」を維持する。特に医療法人は医療法・会計基準への準拠義務があるため、外部監査に対応できる内部チェック体制を残すことが重要。
失敗事例5:複数のクラウドツールを並行導入したが、データ連携ができず二重入力が増えた
状況:会計・給与・経費精算・勤怠管理をそれぞれ異なるベンダーのツールで導入した結果、ツール間のデータ連携が取れず、データの手動転記・二重入力が発生。かえって業務工数が増加した。
回避策:バックオフィスツールは「同一ベンダーのシリーズ製品で統一するか、API連携が確立しているツールの組み合わせを選ぶ」ことを優先する。特にマネーフォワードクラウドシリーズ・freeeシリーズ等のように一体型設計のサービスは、連携工数を最小化しやすい。
8. 月次決算サイクル別——必要な機能と費用目安
月次決算のサイクルと精度要件によって、必要な会計ソフトの機能水準と費用目安が変わります。施設の経営管理レベルに応じて適切な機能と費用のバランスを判断することが重要です。
8-1. 月次決算のサイクル分類
| 決算サイクル | 対象施設の例 | 必要な主要機能 | クラウド会計費用目安(月額) |
|---|---|---|---|
| 翌月5営業日以内(スピード型) | KPI管理を重視する中規模医療法人・複数施設運営 | 銀行自動取込・AI仕訳・部門別損益・ダッシュボード・税理士リアルタイム共有 | 1万〜3万円以上 |
| 翌月10営業日以内(標準型) | 単施設の医療法人・中規模クリニック | 銀行自動取込・AI仕訳・税理士共有・インボイス対応 | 5,000〜1万5,000円 |
| 翌月末(コンパクト型) | 個人クリニック・小規模施設 | 銀行自動取込・AI仕訳・青色申告/法人税申告書補助 | 2,000〜8,000円 |
8-2. 月次決算を早める効果
月次決算のサイクルを短縮することで、経営判断のスピードが高まり、収益改善の施策を素早く打てるようになります。経産省「IT導入補助金2025」の対象ツールには、バックオフィス業務の効率化ツールも含まれる場合があるため、クラウド会計導入と合わせて確認する価値があります。
8-3. レセコン(レセプトコンピュータ)連携の重要性
医療機関の月次決算において、診療報酬収入の把握に不可欠なのがレセコンとの連携です。主要クラウド会計サービスとレセコンの直接連携は現状で限定的なため、多くの施設ではレセコンデータをCSVで抽出し、会計ソフトへ取り込む運用が一般的です。一部のベンダーはレセコンメーカーとの連携ソリューションを提供しているため、自院のレセコン環境と合わせて確認することが推奨されます。
9. よくある質問(FAQ)10問
Q1. クラウド会計に切り替えると税理士が不要になりますか?
クラウド会計で自動化できるのは仕訳入力・帳簿作成・レポート生成などの「記帳業務」です。税務申告・都道府県届出・税務調査対応・節税戦略の立案などは、クラウド会計で代替できるものではありません。クラウド会計導入後は「税理士への依頼内容が記帳代行から税務判断・申告に絞られる」形で役割分担を最適化するケースが一般的です。
Q2. 医療法人会計基準に完全対応したクラウド会計はありますか?
2026年5月時点で、医療法人会計基準に「完全対応」を標榜する汎用クラウド会計サービスは限定的です。マネーフォワードクラウド・弥生会計等はカスタマイズで対応できる範囲が広いものの、医療法人専用帳票(事業報告書附属明細書等)は税理士との協働作業が前提となるケースが多いです。医療法人特有の要件が多い施設では、医療機関専用パッケージ(主にオンプレ型)との比較検討をお勧めします。
Q3. IT導入補助金はクラウド会計に使えますか?
経済産業省「IT導入補助金2025」(chusho.meti.go.jp)では、会計・財務・バックオフィスに関するITツールが補助対象カテゴリに含まれています。補助率・補助上限額・申請要件は公募回ごとに変動するため、最新の公募要領を中小企業庁公式サイトで確認するとともに、認定IT導入支援事業者(各クラウド会計ベンダー・販売代理店)に問い合わせることが有効です。
Q4. 電子帳簿保存法(電帳法)への対応は済んでいますか?
2022年施行(猶予期間を経て2024年1月から原則義務化)の電子帳簿保存法改正により、電子取引で受け取ったデータ(メール添付のPDF請求書等)は電子データのまま保存する義務があります。主要クラウド会計は電帳法対応の証憑保存機能を実装しています。詳細要件は国税庁(nta.go.jp)の公開資料でご確認ください。
Q5. インボイス制度は保険診療収入に影響しますか?
保険診療収入は消費税非課税取引であるため、インボイス(適格請求書)の発行・受領の対象外です。ただし、医薬品・医療材料の仕入れ・物品購入・外注費・コンサルタント報酬等の課税仕入れについては、適格請求書の保存が仕入税額控除の要件となります。自由診療や物販がある施設では影響範囲を税理士と確認することが推奨されます。
Q6. 経理を外注する場合、患者情報の取り扱いはどうすれば良いですか?
患者情報(氏名・保険情報等)が含まれる原始証憑を外部の記帳代行業者に提供する場合、個人情報の取り扱いに関する契約(個人情報の取り扱いに関する委託契約・機密保持契約)の締結が必要です。厚生労働省「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン」(mhlw.go.jp)も参照しながら、外注先のセキュリティ基準を確認することが重要です。
Q7. 給与計算も経理コスト削減の対象になりますか?
はい。給与計算は医療機関のバックオフィスコストの中でも工数が大きい業務の一つです。クラウド給与サービス(マネーフォワードクラウド給与・freee人事労務等)を活用すると、勤怠データの自動取込・社会保険料計算の自動化・振込データ作成の効率化が図れます。会計ソフトと同一ベンダーのサービスを利用することで、給与→仕訳の転記工数を削減できます。
Q8. クラウド会計のセキュリティは安全ですか?
主要クラウド会計ベンダーはISO 27001(情報セキュリティマネジメント)等の第三者認証を取得し、データ暗号化・アクセス制御・バックアップ体制を整備しています。オンプレミス型と比較してもセキュリティ水準は高いとされていますが、各社の具体的なセキュリティ対策は公式サイトのセキュリティポリシーページでご確認ください。
Q9. 現在使っているパッケージ会計ソフトからクラウドへの移行は難しいですか?
移行の難易度は既存ソフトの種類・蓄積データ量・カスタマイズ度によって異なります。多くのクラウド会計サービスは、弥生・勘定奉行等の主要パッケージからのデータ移行ツール・移行サポートを提供しています。年度途中の移行は前期データの整合性確認が煩雑になるため、事業年度の切り替わりタイミングでの移行が一般的です。
Q10. 小さなクリニックでも経理コスト削減の効果はありますか?
小規模施設でも効果があります。特にクラウド会計の月額費用(2,000〜5,000円程度)は低コストであり、銀行自動取込・AI仕訳だけでも受付兼務スタッフの経理工数を月数時間削減できるケースがあります。また、税理士とのデータ共有がリアルタイム化されることで、コミュニケーションコスト削減や申告書類の品質向上も期待できます。
10. 次の1ステップ——経理コスト削減の具体的な着手方法
経理コスト削減は「全部まとめて一気に変える」ではなく、「現状把握→優先度付け→1つずつ実行」のステップが現実的です。以下の手順で着手することを検討してください。

- 自院の経理コストを3区分(人件費・顧問料・ソフト費用)で現状把握する:まず現状のコスト構造を把握しないと、削減余地が見えません。過去1年分の経理関連支出を集計することが出発点です。
- クラウド会計の無料トライアルで現状との比較検証をする:主要クラウド会計サービスの多くが30日前後の無料トライアルを提供しています。現在の会計ソフトと並行してトライアルを行い、自動仕訳の精度・使いやすさを自院環境で確認することが判断の根拠になります。
- 顧問税理士に「業務の棚卸し」を依頼する:現在依頼している業務のうち、自動化・内製化できる範囲と税理士に委ねるべき範囲を整理する。その上で顧問料の見直し交渉のタイミングと範囲を検討します。
- IT導入補助金の申請可否を確認する:中小企業庁(chusho.meti.go.jp)の最新公募情報と、導入検討中のクラウド会計ベンダーの補助金対応状況を確認します。補助金が活用できる場合、初期導入コストを大幅に抑えられます。
マネーフォワードクラウドをはじめとする主要クラウド会計は、医療機関向けの無料相談・導入支援サービスを提供しているケースがあります。自院の業務フローに合った設定支援を活用することで、導入初期の試行錯誤を最小化できます。
11. 出典・参考情報と関連記事
- 厚生労働省「医療施設動態調査」(2026-05-08取得) https://www.mhlw.go.jp/toukei/saikin/hw/iryosd/m23/index.html
- 国税庁「電子帳簿保存法」(2026-05-08取得) https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/index.htm
- 中小企業庁「IT導入補助金」(2026-05-08取得) https://www.it-hojo.jp/
- 厚生労働省「医療法人制度」(2026-05-08取得) https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000054775.html
公的出典・参考情報
- 厚生労働省「医療施設調査・病院報告」(mhlw.go.jp)— 医療機関の人員・収支に関する統計
- 厚生労働省「医療経済実態調査」(mhlw.go.jp)— 医療機関の収入・費用構成データ
- 厚生労働省「医療法人会計基準」(平成28年告示第331号)(mhlw.go.jp)— 医療法人の会計基準の法令根拠
- 厚生労働省「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン 第6.0版」(mhlw.go.jp)— 医療機関の情報セキュリティ基準
- 国税庁「電子帳簿保存法関係」(nta.go.jp)— 電子帳簿保存法・インボイス制度の公式解説
- 国税庁「インボイス制度の概要」(nta.go.jp)— 適格請求書等保存方式の詳細
- 中小企業庁「IT導入補助金2025」(chusho.meti.go.jp)— ITツール導入補助金の公募情報
- 中小企業庁「中小企業の経営支援に関する調査」(chusho.meti.go.jp)— 中小企業の経理コスト実態調査
- 総務省「地方公共団体等への個人情報保護に関する指針」(soumu.go.jp)— 個人情報取り扱いの参考資料
※本記事に記載の費用・相場情報は公開情報をもとにした参考値です。実際の費用・要件は各サービス・事務所の公式情報をご確認ください。税務・会計に関する個別の判断は、顧問税理士・公認会計士にご相談ください。最終更新日: 2026-05-08
関連記事
- 医療法人向け会計ソフト比較——医療法人会計基準対応の選び方と主要8サービス
- 個人クリニック向け会計ソフト比較——確定申告・青色申告対応の選び方
- 医療機関向け給与計算ソフト比較——夜勤・シフト対応・社会保険自動計算の選び方
- 医療機関向け決済システム比較——キャッシュレス・自動精算機の導入コスト比較
mitoru編集部の見解
医療法人の会計・税務は、定期同額給与の3ヶ月ルール、事前確定届出給与の届出期限、分掌変更否認のリスクなど、一般法人と異なる運用が必要です。クラウド会計の導入だけでなく、税理士との連携体制を併せて整えることをmitoru編集部は推奨します。