医療情報連携基盤（EHR/PHR）完全ガイド【2026年版・全国医療情報プラットフォーム/PHR/HL7 FHIR】

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📅公開日：2026-07-04
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医療情報連携基盤の整備は、2023年に閣議決定された医療DX推進体制のもと、全国医療情報プラットフォームの構築、電子カルテ情報共有サービスの稼働、電子処方箋の普及、マイナポータル経由のPHR（Personal Health Record）拡張という4本柱で進められてきました。2026年度時点では、病院・診療所・薬局・自治体それぞれが「どの連携基盤に、どの順序で、どのコストで接続するか」を判断する局面に入っています。本記事は、厚生労働省・デジタル庁・PMDA・国立保健医療科学院・社会保険診療報酬支払基金など公的機関が公開している情報を整理した内容です。医療機関の理事長・院長・情報システム室・自治体医療政策担当が、庁内・院内の意思決定資料として参照できる粒度で、制度概要と実装標準（HL7 FHIR）、そして地域EHRとの関係を体系立てて解説します。特定製品の推奨や個別コンサルティングを目的とするものではなく、公開情報の一次整理を目指しています。

この記事でわかること

  • 全国医療情報プラットフォームの全体像と各コンポーネントの位置付け
  • 電子カルテ情報共有サービスの3文書6情報と稼働スケジュール
  • 電子処方箋・オンライン資格確認との接続関係
  • マイナポータル経由のPHR（薬剤情報・特定健診情報・予防接種等）の閲覧範囲
  • HL7 FHIR標準の位置付けとJP Core実装ガイドの概要
  • 地域EHR（あじさいネット・晴れやかネットなど）の運用モデル
  • 医療情報システムの安全管理に関するガイドライン第6.0版のポイント
  • 導入判断で押さえるべきFAQ5問と関連公的機関リンク

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1. 全国医療情報プラットフォームの全体像

全国医療情報プラットフォームは、厚生労働省「医療DXの推進に関する工程表」に位置付けられた、医療・介護分野の情報を全国規模で連携させるための基盤構想です。オンライン資格確認等システムのネットワーク上に、電子処方箋管理サービス、電子カルテ情報共有サービス、予防接種・母子保健・介護等の情報連携機能を順次搭載し、患者本人・医療機関・自治体が同一の患者に関する情報を安全にやり取りできる状態を目指しています。

1-1. 構想の起点と工程表

2022年10月に「医療DX推進本部」が政府に設置され、2023年6月に「医療DXの推進に関する工程表」が策定されました。工程表では、2030年に概ね全ての医療機関で電子カルテ情報の標準化・共有を実現し、患者本人・介護事業者・自治体を含めた情報連携を段階的に拡張していく方針が示されています。厚生労働省の公表資料は「医療DX」特設ページで随時更新されており、病院IT担当・自治体政策担当は工程表の最新版と併走してロードマップを引き直す運用が現実的です。

1-2. 基盤の4つのレイヤー

全国医療情報プラットフォームは、機能的に (1) 資格確認・本人認証レイヤー（オンライン資格確認等システム／マイナ保険証）、(2) 医療情報共有レイヤー（電子カルテ情報共有サービス／電子処方箋管理サービス）、(3) 本人閲覧レイヤー（マイナポータル／PHR）、(4) 標準・セキュリティレイヤー（HL7 FHIR／医療情報システムの安全管理に関するガイドライン）の4層に整理できます。各レイヤーは相互に依存しており、下位レイヤーの整備が遅れると上位レイヤーの効果が発揮されにくい構造です。

1-3. 医療機関にとっての意味

病院・診療所側から見ると、全国医療情報プラットフォームへの接続は、単一のシステム導入ではなく「複数の公的サービスへの段階的な接続手続き」に近い形になります。オンライン資格確認・電子処方箋・電子カルテ情報共有サービスは、それぞれ別途申請・別途改修が発生します。院内情報システム室は、ベンダーのロードマップを個別に把握し、稼働スケジュールと院内改修時期を調整することが求められます。

2. 電子カルテ情報共有サービス

電子カルテ情報共有サービスは、医療機関同士が診療情報を共有するための新たな公的基盤です。厚生労働省が2023年以降に整備方針を公表し、2024年度以降に段階的に稼働開始・拡張が進められてきました。オンライン資格確認等システムの上に構築され、電子処方箋管理サービスと同じネットワーク基盤を共有します。

2-1. 共有される「3文書6情報」

厚生労働省の公表資料では、電子カルテ情報共有サービスで扱う情報として、3文書（診療情報提供書・退院時サマリー・健康診断結果報告書）と6情報（傷病名・アレルギー情報・感染症情報・薬剤禁忌情報・検査情報（救急時に有用な検査等）・処方情報）が示されています。将来的に共有対象を拡張していく方針も示されており、対象文書・情報の範囲は工程表の改訂に応じて更新されます。

2-2. 稼働イメージと患者同意

電子カルテ情報共有サービスは、患者本人の同意を前提として、他医療機関からの参照や患者本人からのマイナポータル閲覧を可能にする設計です。受診時にマイナ保険証で本人確認と閲覧同意を取得し、医療機関側は電子カルテからサービス側にデータを送信します。医療機関間の情報のやり取りは、直接接続ではなく、いったんクラウド基盤に集約する構造です。

2-3. 病院・診療所側の準備

電子カルテ情報共有サービスに接続するためには、対応済の電子カルテパッケージへのバージョンアップまたは連携モジュールの追加が必要です。ベンダーによって対応時期・改修費用が異なるため、まずは使用中の電子カルテベンダーに対応ロードマップを確認するのが起点です。オンプレ型電子カルテでは、院内サーバー・院内ネットワークの構成変更を伴うケースがあり、稼働時期の見積は保守契約と合わせて確認する運用が安全です。

3. 電子処方箋の位置付け

電子処方箋は、2023年1月に運用開始した、医師・歯科医師が発行する処方箋を電子データ化して薬局に伝達する仕組みです。社会保険診療報酬支払基金が運営する電子処方箋管理サービスがオンライン資格確認等システムの基盤上で稼働しており、医療情報連携基盤の中では「処方・調剤情報のリアルタイム集約装置」として機能します。

3-1. 全国医療情報プラットフォームとの関係

電子処方箋管理サービスは、電子処方箋の受け渡しだけでなく、処方・調剤データを集約することで薬剤情報のPHR基盤としても位置付けられます。マイナポータル側からは、電子処方箋で受け渡された処方・調剤情報を患者本人が閲覧できる仕組みが整備されつつあります。医療機関側からも、患者同意のもとで他院処方の参照が可能になるため、重複投薬・併用禁忌の自動チェックの精度が高まる構造です。

3-2. 医療機関・薬局の導入状況

厚生労働省の公表資料によれば、薬局側の導入が医療機関側より先行してきた経緯があります。医療機関側の導入障壁として、HPKI電子署名カードの取得手続き、電子カルテ・レセコンの改修対応、院内オペレーション設計の3点が挙げられてきました。2026年時点の最新の導入率・普及動向は、厚生労働省・支払基金の公開資料をあわせて確認します。

4. オンライン資格確認による情報連携

オンライン資格確認等システム（オン資）は、マイナンバーカードを利用した被保険者資格確認のインフラであると同時に、薬剤情報・特定健診情報・診療情報を医療機関側で閲覧できる情報連携基盤としての性格を持ちます。全国医療情報プラットフォームの土台にあたるレイヤーです。

4-1. 薬剤情報の閲覧

患者がマイナ保険証で本人確認と閲覧同意を行うことで、医療機関側はレセプト由来の過去数年分の薬剤情報を電子カルテ・レセコン画面上から参照できます。参照可能な期間・情報範囲は、厚生労働省が公表する運用要件に従います。処方・調剤情報は、電子処方箋管理サービスの稼働拡大に応じて、レセプトベースからリアルタイムベースへ徐々に置き換わっていく方向です。

4-2. 特定健診情報の閲覧

特定健康診査（メタボ健診）の結果情報も、オン資経由で医療機関側から閲覧可能です。40〜74歳の被保険者を主対象に、健診結果・保健指導の状況が医療機関側に共有される仕組みで、生活習慣病の管理外来などで補助的な情報源として活用できます。閲覧範囲は、患者本人が同意した情報に限定されます。

4-3. 医療機関側の設備要件

オン資の運用には、専用ネットワーク回線（IP-VPNまたはIP-Sec）、顔認証付きカードリーダー、電子カルテ・レセコンの対応バージョンが必要です。2023年4月以降、保険医療機関・保険薬局に対してオンライン資格確認の導入が原則義務化されており、まだ稼働できていない施設は電子処方箋・電子カルテ情報共有サービスに先立って、まずこの整備からの着手が現実的な順序になります。

5. マイナポータルによるPHR

PHR（Personal Health Record）は、患者本人が自分自身の医療・健康情報を保管・閲覧・活用する仕組みの総称です。国の医療情報連携基盤の中では、マイナポータルが公式PHRの中心的な入口として位置付けられ、健診・薬剤・処方情報・予防接種履歴などが順次閲覧可能になっています。

5-1. マイナポータルで閲覧可能な医療関連情報

デジタル庁の公表資料では、マイナポータルの「わたしの情報」画面から、被保険者資格情報・薬剤情報・特定健診情報・医療費通知情報・予防接種履歴・母子保健情報などが順次閲覧可能となる方針が示されています。閲覧開始時期・対象年度は情報種別ごとに異なるため、最新の対応状況はデジタル庁・厚生労働省の公表資料を確認してください。

5-2. PHRアプリの民間連携

マイナポータル側のAPI（マイナポータルAPI）を利用することで、民間PHRアプリが患者本人の同意のもとで健診情報等を取得し、患者向けサービスに活用する形が想定されています。医療機関側から見ると、患者が民間PHRアプリで自身のデータを管理していることを前提として、外来問診・服薬指導のコミュニケーション設計を見直す視点が求められます。

5-3. 医療機関側の説明設計

患者にPHRを案内する際は、マイナポータルの閲覧範囲・閲覧期間・本人同意による解除方法・情報の利用目的を明確に伝える運用が安全です。「医療機関側が見られる情報」と「患者本人がマイナポータルで見られる情報」は範囲が異なるため、両者の違いを混同しないように、掲示物・院内チラシ・受付での口頭説明を整理します。デジタル庁・厚生労働省のリーフレットを院内掲示に活用する運用が一般的です。

6. HL7 FHIR標準とJP Core

HL7 FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources、ファイア）は、医療情報を交換するための国際標準規格です。従来のHL7 v2・CDA・SS-MIX2などに続く新しい標準として、Webアーキテクチャに親和的なRESTful APIとJSON/XMLベースのデータ表現を採用しています。国内では、電子カルテ情報共有サービスの実装標準としてFHIRが採用され、日本の医療現場での実装向けにJP Core実装ガイドが整備されています。

6-1. FHIRの基本構造

FHIRは、Patient・Encounter・Observation・MedicationRequestといった「リソース」単位で医療情報を表現し、RESTful APIを介してリソース単位で読み書きする設計です。従来のCDA文書のようにドキュメント全体を一括で交換するのではなく、必要な情報だけを部品として取り出せるため、Webアプリケーションからの活用が容易です。国際的にも、米国のUSCDIやONC認証など、医療情報共有の中核標準として採用が進んでいます。

6-2. JP Core実装ガイド

JP Core実装ガイドは、HL7 FHIRのリソースを日本の医療現場で使う際の共通実装仕様として、一般社団法人日本HL7協会などが公開している資料です。日本の医療制度・保険制度・コードマスタ（レセプト電算処理システムの傷病名マスタ・医薬品マスタ・診療行為マスタ等）とFHIRリソースを対応付けるプロファイルが定義されています。電子カルテ情報共有サービスの実装は、このJP Coreを基礎として設計されています。

6-3. 病院IT担当が押さえるべきポイント

病院情報システムのRFP・仕様書を作成する際に、FHIR対応・JP Core準拠を要件として明記する動きが広がっています。特に、次期電子カルテ選定を控える病院では、「電子カルテ情報共有サービス対応」と「HL7 FHIR/JP Core準拠」を仕様書に組み込むことで、将来的な標準化対応の見通しを立てやすくなります。国立保健医療科学院の医療情報標準化に関する公表資料や、厚生労働省の標準規格リストも判断材料になります。

7. 地域EHR（地域医療情報連携ネットワーク）

全国医療情報プラットフォームの整備と並行して、都道府県・二次医療圏単位では「地域医療情報連携ネットワーク」（地域EHR）が長らく運用されてきました。長崎県の「あじさいネット」、岡山県の「晴れやかネット」、香川県の「K-MIX+」など、代表的なネットワークが公表資料として整理されています。地域EHRは、地域の中核病院と診療所・薬局・訪問看護・介護事業所を結び、患者情報の共有と後方連携を支える基盤として機能してきました。

7-1. 地域EHRの運営主体

地域EHRの多くは、都道府県医師会・地域のNPO法人・自治体・中核病院が中心となって運営してきた経緯があります。運営費用は、参加医療機関の会費・自治体補助金・診療報酬上の加算（地域医療連携推進法人・地域包括ケア関連の各種加算）などで賄われる形が一般的です。運営主体の詳細は各ネットワークの公表資料をご確認ください。

7-2. 全国基盤との関係整理

全国医療情報プラットフォームの整備に伴い、地域EHRは「地域独自の情報共有」と「全国共通基盤」の役割分担を再整理する局面にあります。電子カルテ情報共有サービスが標準化する3文書6情報以外の詳細情報（検査結果画像・退院サマリーの詳細本文・地域独自の連携パス等）は、当面は地域EHRが引き続き担う想定です。自治体医療政策担当は、地域EHRの継続運用と全国基盤への接続の両立を、地域の医師会・医療機関と協議しながら設計することになります。

7-3. 地域EHRの活用事例

長崎県の「あじさいネット」は、県内の中核病院と診療所・薬局・介護事業所を接続する形で運用されてきた代表的な事例です。参加施設数・利用実績は各ネットワークの公表資料で確認できます。岡山県の「晴れやかネット」、香川県の「K-MIX+」なども、地域包括ケアシステムのIT基盤として位置付けられており、事例研究の対象として、厚生労働省・国立保健医療科学院の資料に整理されています。

8. 医療情報システムの安全管理に関するガイドライン

医療情報連携基盤に接続する医療機関は、厚生労働省「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン」を遵守する運用が求められます。同ガイドラインは、電子カルテ・オンライン資格確認・電子処方箋・電子カルテ情報共有サービスなどを含む医療情報システム全般の安全管理の考え方を体系化した公的文書で、定期的な改訂が行われてきました。

8-1. ガイドラインの構成

ガイドラインは「概説編」「経営管理編」「企画管理編」「システム運用編」の複数編で構成され、対象読者（経営層・情報システム責任者・現場運用者）ごとに読むべき章立てが整理されています。医療機関のIT委員会・情報システム室は、経営層向けの経営管理編と、実務向けの企画管理編・システム運用編の両方を参照する運用が現実的です。

8-2. サイバーセキュリティの重点論点

近年、病院を狙ったランサムウェア被害が国内外で報告されており、ガイドラインでもサイバーセキュリティ対策の重要性が明確に位置付けられています。VPN機器の脆弱性対応、リモート保守回線の管理、電子カルテサーバーのバックアップ、インシデント対応体制の整備、CIO・CISO相当の役割設計などが論点として整理されています。病院ごとの規模・体制に応じたリスクアセスメントを、外部有識者やベンダーと連携しながら定期的に実施する運用が求められます。

8-3. 3省2ガイドラインの位置関係

医療情報の外部保存・クラウド利用に関しては、厚生労働省ガイドラインに加え、経済産業省・総務省が公表する事業者向けガイドラインの遵守も求められます。これらを合わせて「3省2ガイドライン」と呼び、医療機関側の遵守事項とクラウド事業者側の遵守事項を対で整理する枠組みになっています。クラウド電子カルテ・SaaS型医療システムの選定時には、ベンダー側の3省2ガイドライン対応状況を確認する運用が一般的です。

9. 導入判断で押さえるFAQ

Q1. 電子カルテ情報共有サービスへの接続はいつから義務化されますか？
2026年時点で電子カルテ情報共有サービスへの接続そのものは、法律上の一律義務としては課されていません。工程表では2030年までに概ね全ての医療機関で標準的な電子カルテ情報の共有ができる体制を目指す方針が示されており、今後の制度改正や診療報酬上の位置付けが具体化する見込みです。最新の動向は厚生労働省の公表資料を確認してください。
Q2. 病院で電子カルテを更新する時期に、FHIR対応を仕様に入れるべきですか？
電子カルテ情報共有サービスの実装標準がHL7 FHIRを基礎としているため、次期電子カルテ選定のタイミングでFHIR・JP Core対応をRFPに含めておくと、将来の接続改修コストを抑えやすくなります。ベンダー選定の際は、対応バージョン・対応時期・追加費用の見積を書面で確認する運用が安全です。
Q3. 地域EHRに参加していますが、全国基盤に接続する必要はありますか？
地域EHRと全国医療情報プラットフォームは補完関係にあり、それぞれが扱う情報範囲・カバー地域が異なります。全国基盤（オン資・電子処方箋・電子カルテ情報共有サービス）は、患者が地域外の医療機関を受診したときにも情報連携できる利点があります。地域EHR運営主体・自治体・医師会と協議のうえ、二重管理を避けつつ両方の利点を享受する設計を進める形が現実的です。
Q4. マイナ保険証を持たない患者の情報連携はどうなりますか？
マイナ保険証は本人確認と閲覧同意の入口として位置付けられているため、マイナ保険証を利用しない患者は、オン資経由の薬剤情報・特定健診情報の閲覧同意を得るフローが異なる形になります。現行の運用範囲は厚生労働省の公表資料に整理されており、医療機関側は健康保険証・資格確認書・マイナ保険証それぞれのフローを窓口で確認できる状態にしておく運用が求められます。
Q5. 情報連携基盤への接続で追加のセキュリティ対策は必要ですか？
「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン」の最新版に沿って、ネットワーク境界の管理・端末認証・アクセスログの取得・インシデント対応体制の整備を進める運用が求められます。特に、リモート保守回線・VPN機器の脆弱性対応、バックアップの世代管理、ランサムウェアに備えたオフラインバックアップの確保が重点論点として整理されています。院内でCIO・CISO相当の役割を明確化し、外部有識者・ベンダーと連携した定期的なリスクアセスメントを実施することが望ましいとされています。
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10. 出典・関連リンク

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mitoru編集部の見解

電子カルテ選定では、初期費用だけでなく10年TCO（運用・保守・移行・解約コスト）と、医療情報システム安全管理ガイドライン6.0版への準拠状況を併せて評価することが重要です。クラウド型は通信障害リスク、オンプレ型は更新コストという固有リスクがあり、規模・診療科で最適解は異なります。

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