クリニックの共同経営（複数医師モデル） 完全ガイド【2026年版・医療法/組合契約/持分/専門連携/リスク管理】

※本記事には広告（PR）が含まれます。mitoru編集部は公開情報を整理して比較・解説しており、表示順位や評価は広告主からの依頼ではなく編集部の独自判断によります。

複数の医師が資本・労務・診療責任を分担して運営する「共同経営」は、単独開業と比べ初期投資リスクの分散・診療科横断の相乗効果・当直や休暇のカバー体制が組みやすい利点があり、勤務医の独立志向と経営リスク回避志向のバランス解として検討されるモデルです。一方、医療法上の管理者要件・利益分配ルール・脱退時の持分整理・意思決定の合意形成など、単独開業にはない論点が発生します。

本ガイドは共同経営を検討する開業医・勤務医向けに、法的枠組みの類型・管理者要件・複数出資者スキーム・役割分担・診療科横断連携・利益分配設計・脱退清算・税務社会保険の論点を、厚生労働省・国税庁・e-Gov法令検索の公開情報から整理した内容です。個別案件は弁護士・税理士・行政書士等の専門家との個別相談を前提にご活用ください。

共同経営の類型(医療法人・任意組合・グループ診療)

医師複数名で診療所を共同経営する場合、法的枠組みは大きく3類型に整理できます。意思決定・持分・責任・税務の扱いが異なるため、開業構想の初期段階でどの類型を採用するかを設計します。

類型1:医療法人(社団医療法人)による共同経営

複数医師が理事として社団医療法人を設立し、法人格で診療所を運営するスタイルです。厚生労働省「医療法人制度について」の整理通り、社団医療法人は医療法第39条以下に基づき都道府県知事の認可を受けて設立されます。2007年4月施行の改正医療法以降、新規設立の社団医療法人は出資持分なし型(基金拠出型を含む)が原則で、複数医師が基金を拠出し理事会で意思決定するかたちが一般的です。契約主体の明確化・スタッフ雇用の一元化・分院展開の自由度・事業承継の柔軟性がメリットとされます。

類型2:任意組合(民法上の組合)によるパートナーシップ

民法第667条以下の組合契約を締結し、複数医師が「組合員」として共同事業を営むスタイルです。組合は法人格を持たず、各組合員が自己の名で契約主体となり、組合財産は組合員の合有となります。診療所の開設許可は原則として個人(管理者医師)名義で取得することが多く、内部関係を組合契約で規律します。共同所有・費用按分・収益分配等を組合契約で定める柔軟性がある一方、対外的な責任は組合員全員が連帯して負う点に注意が必要です。

類型3:個別開業医のグループ診療(緩やかな連携)

各医師がそれぞれ個人事業として診療所を開設し、施設・スタッフ・設備を実質的に共有しつつ法的には別事業体として運営するスタイルです。テナント共同賃借・設備共同使用契約・スタッフ共同雇用契約等を組み合わせて実装します。資本参加・利益分配の複雑さを避け、独立性を保ちつつ運営コストを分散したい場合に選択されます。実態が「共同経営」と評価されると税務・医療法上の解釈で議論になるため、契約書と運用実態の整合性が論点となります。

• 医療法人型:法人格・持分/基金・理事会意思決定・分院展開が可能
• 任意組合型:組合契約・法人格なし・組合員の合有・連帯責任
• グループ診療型:各医師が別事業体・施設スタッフ共有契約・独立性維持

医療法上の管理者要件(1診療所1管理者原則)

共同経営を設計するうえで最初に確認すべき制度上の制約が、医療法における管理者要件です。共同経営でも診療所ごとに1名の管理者を定める必要があり、この点は単独開業と共通です。

医療法第10条 診療所の管理者

e-Gov法令検索「医療法」によれば、医療法第10条は診療所の開設者は臨床研修等修了医師に管理させる旨を定めています。共同経営で複数医師が診療に従事する場合でも、行政手続上の管理者は1名を定めて届出するのが基本です。管理者は業務全般を統括する責任者として、都道府県への諸届出・医療安全・院内感染対策・スタッフ管理等の責務を負います。

医療法第12条 管理者の兼務制限

医療法第12条第1項は、管理者が他の医業施設の管理者・開設者を兼ねることを原則禁止し、都道府県知事の許可を受けた場合の例外を定めています。共同経営者の一人が別の医療施設の管理者を兼務する場合は原則として兼務許可申請が必要で、分院展開・複数施設運営を検討する場合、この兼務制限の運用が実務上の論点になります。

開設許可・開設届の名義

医療法人型では開設者は「医療法人」、管理者は理事のうち1名を届け出ます。任意組合型やグループ診療型では、開設者は個人医師名義とし、共同経営の実質は組合契約や施設共同使用契約で規律するのが一般的です。開設許可申請・開設届は診療所所在地の都道府県または保健所に提出します。

持分あり社団医療法人(経過措置型)の複数出資者

共同経営では、既存の「持分あり社団医療法人(経過措置型)」の運営継承や複数出資者の役員参画が論点になることがあります。2007年4月以降は持分あり医療法人の新規設立はできませんが、既存法人は継続して運営されています。

出資持分の性質と共同出資

持分あり医療法人では、出資者は出資額に応じた財産権として「出資持分」を有し、譲渡・相続の対象となります。複数医師が持分を保有するかたちで参画する場合、定款で議決権と持分割合の関係を明確化する必要があります。医療法人の社員は「一人一議決権」が原則で、出資割合と議決権が連動しない点が株式会社との違いです(医療法第46条の3の3等)。

持分評価と相続税・退社時払戻

持分あり医療法人では、利益剰余金の蓄積とともに出資持分の評価額が上昇します。相続発生時は相続税の課税対象、退社時は払戻請求の対象となる場合があります。共同経営者の一人が退社した際の払戻額が想定を超え、法人のキャッシュフローを圧迫するリスクは複数出資者スキームの主要リスクの一つです。厚生労働省は「持分なし医療法人への移行計画認定制度」を運用しており、持分ありからなしへの移行支援策が継続提供されています。

新規設立の場合は持分なしが原則

これから共同経営で医療法人を設立する場合、選択肢は原則として出資持分なし医療法人(基金拠出型を含む)です。基金拠出型では、複数医師がそれぞれ基金を拠出し、定款所定の条件のもとで基金返還請求権を持ちます。基金は財産権ではなく債権的な性質を持ち、相続税評価上の論点は持分より限定的です。退社時の金銭清算は基金返還と退職金スキームの組み合わせで設計するのが基本です。

役割分担(管理医師・経営責任者・診療責任者)

共同経営の成否は、法的枠組みだけでなく内部の役割分担と意思決定ルールの設計に大きく依存します。「診療」「経営」「対外」の3領域で責任者を明確化することが基本です。

管理医師の職務範囲

医療法上の管理者(管理医師)は、医療安全・院内感染対策・スタッフ管理・行政届出等を統括します。医療安全管理体制の構築(医療法第6条の12等)、医療事故の報告義務、施設基準届出、地方厚生局への各種届出が主な職務です。共同経営体制でも管理者は原則1名のため、対外的な責任者としての管理医師は明確に固定します。

経営責任者(理事長・代表組合員)

医療法人型では理事長、任意組合型では代表組合員が意思決定と対外的な契約主体となります。銀行融資・テナント・リース・スタッフ雇用契約等の署名権限と、日常的な経営判断の権限範囲を定款・組合契約書に明記します。管理医師と経営責任者を同一人物とするか別人物とするかは、共同経営者間の分担に応じて設計します。

診療責任者(診療科別・時間帯別)

複数診療科横断のクリニックや当直体制を敷くクリニックでは、診療科別・時間帯別の診療責任者を内部規程で定めるケースがあります。診療方針・使用薬剤・医療機器の使用規程・診療プロトコルを担当医師が策定し、相互チェックする体制を構築します。診療責任者は医療法上の管理者とは別の内部運用上の職責で、管理者への報告経路の明確化が医療安全上の基本です。

• 管理医師:医療法上の管理者・医療安全/感染対策/届出責任・原則1名
• 経営責任者:理事長or代表組合員・契約主体・銀行融資/テナント/雇用契約権限
• 診療責任者:診療科別/時間帯別・診療プロトコル策定・管理者への報告経路
• 意思決定ルール:定款/組合契約に議決要件を明記・重要事項の全員一致or過半数の設計

診療科横断連携(内科×整形外科など複数科モデル)

共同経営の代表的なメリットの一つが、診療科横断連携によるワンストップ診療の実現です。単独開業では困難な複数診療科の同時提供が可能となり、患者利便性向上と院内紹介による医業収益の底上げが期待できます。

内科×整形外科モデル

高齢者の慢性疾患(高血圧・糖尿病・脂質異常症等)と運動器疾患(腰痛・変形性膝関節症等)は併発が多く、内科医と整形外科医の共同経営は患者ニーズの重なりが大きいモデルです。リハビリテーション施設を併設することで継続受診の導線を形成しやすくなります。厚生労働省「医療施設調査」でも複数診療科を掲げる診療所は一定割合存在しており、地域医療構想上も位置づけが議論されています。

小児科×皮膚科×アレルギー科モデル

小児期のアトピー性皮膚炎・食物アレルギー・喘息等はクロスする診療領域が広く、小児科・皮膚科・アレルギー科の医師による共同運営は、子育て世代を軸に安定した集患が期待できるモデルの一つです。予防接種・乳幼児健診・学校検診の受託と組み合わせることで、季節変動の平準化と地域連携の強化が図りやすくなります。

循環器×消化器×代謝内科モデル

循環器・消化器・代謝内科の内科系サブスペシャリティを持つ医師の共同経営は、生活習慣病外来のワンストップ拠点として位置づけが可能です。心電図・超音波・上部消化管内視鏡等の共通機器を集約投資できるため、単独開業に比べ設備投資効率が高まる場合があります。ただし施設基準の要件は診療科別・機器別に細分化されており、届出内容と運用が整合しているかを継続的に確認する体制が求められます。

院内紹介ルールの整備

複数科モデルでは、院内紹介の運用ルールを内部規程として整備しておきます。同日算定可能な診療報酬項目・複数科受診時の会計処理・診療録連携・患者説明フローをドキュメント化し、スタッフが迷わず対応できる体制を構築します。同日再診の取扱い等は診療報酬点数表・地方厚生局への届出内容に沿って設計します。

利益分配・報酬設計(役員報酬・利益按分)

共同経営で最も揉めやすい論点が利益分配・役員報酬設計です。「診療従事時間」「基金/持分割合」「経営責任度」「集患貢献度」などの切り口をどう組み合わせるかを、契約書・内部規程で事前に明文化しておくことが基本です。

医療法人型:役員報酬と留保

医療法人では複数理事(医師)にそれぞれ役員報酬を支給します。国税庁「タックスアンサー No.5211 役員に対する給与」の整理通り、損金算入が認められる役員報酬は定期同額給与・事前確定届出給与・業績連動給与のいずれかで、原則として期中変更不可です。報酬水準は診療従事時間・診療領域・経営責任に応じて事業年度開始時までに定めることが基本です。剰余金は法人内部に留保し、設備投資・退職金原資・分院展開資金として活用します。

任意組合型:損益分配比率

任意組合型では、組合契約書に損益分配比率を明記し、各組合員の所得として按分して申告します。所得税の計算は各組合員が自己の分配額を事業所得等として申告するかたちで、法人税は課されません(パススルー課税)。国税庁の解説では、組合の損益は組合員に帰属し、各組合員が自己の申告に含める取扱いが整理されています。損益分配比率は「診療従事時間比」「出資比率」「一律」等の設計が可能で、実態と契約書の整合性が問われる論点です。

貢献度評価の内部ルール

共同経営で意見が分かれやすいのが「同じ役員報酬でよいか」「診療領域・時間による差をつけるか」「集患貢献をどう評価するか」といった論点です。開業前に(1)診療従事時間、(2)診療報酬の外形的評価、(3)経営責任加算、(4)集患・営業貢献の定性評価、といった切り口の重み付けを合意し、年1回等で見直すルールを設けます。曖昧なまま開業すると、後に共同経営の解消原因になりやすい領域です。

退職金スキームの共同設計

医療法人型では、複数理事への退職金支給を事前に定款・退職金規程で設計します。国税庁「タックスアンサー No.5208 役員の退職金の損金算入」では、役員退職金の適正額は「最終月額報酬×勤続年数×功績倍率」等の合理的基準で算定し、社会通念上相当な額を超える部分は損金不算入となる旨が整理されています。共同経営者間の退職金水準・支給時期を合意し規程化しておくことで、退任時のトラブルを抑制できます。

退社(脱退)・清算のルール設計

共同経営でもう一つ揉めやすい論点が、共同経営者の一人が退社・脱退する際の清算ルールです。10年20年の運営過程では家族の事情・健康状態・診療方針の相違等で脱退が発生する可能性があり、事前の設計が必要です。

医療法人型の社員退社

持分あり医療法人では、社員退社時に定款所定の払戻請求が発生する場合があります。法人資産の評価・払戻の分割払い・退社後の競業避止義務の設定等が論点です。持分なし医療法人(基金拠出型)では基金返還は定款所定の手続きに従い、財産権としての持分払戻は発生しません。退職金・基金返還・後任理事の選任等を組み合わせた退社スキームを、定款・退職金規程・内部合意書で設計しておくことが基本です。

任意組合の脱退・解散

民法上の組合では、組合員の脱退(民法第678条以下)と組合の解散(民法第682条以下)が定められています。脱退組合員は、脱退時の組合財産の状況に応じた持分の払戻を受けます(民法第681条)。組合の継続・解散・第三者の新規組合員化のいずれとするかを組合契約書で事前に規律します。開設許可名義が個人の場合、名義人の変更・廃止届・新規開設届等の行政手続も並行して必要です。

競業避止・患者情報の取扱い

脱退した医師が近隣で新たに診療所を開設し、患者を連れ出すかたちで独立するケースは、共同経営の主要リスクとされます。競業避止義務の範囲(地理的範囲・期間)、患者情報の取扱い、スタッフの引き抜き禁止等を退社時に個別合意する運用が実務では見られます。競業避止義務は職業選択の自由との関係で無制限には認められないため、個別事案は弁護士等の専門家と相談することが基本です。

解散時の残余財産(持分なし法人の制約)

持分なし医療法人を解散する場合、残余財産は国・地方公共団体・他の医療法人等に帰属し、社員個人へ戻すことはできません(医療法第44条等)。共同経営者間で解散を選択する場面では、解散前に退職金・基金返還等で正当な清算を進めるか、第三者承継(M&A)を検討するかの判断となります。中小企業庁「中小M&Aガイドライン」でも医療法人を含む事業承継の選択肢が整理されており、承継計画は解散判断の前に検討することが有用です。

税務・社会保険の実務論点

共同経営の類型別に税務・社会保険の取扱いが大きく異なります。開業構想の段階で税理士・社労士の助言を得て、法的枠組みと税務スキームを整合的に設計します。

医療法人型の税務

医療法人には法人税・法人住民税・法人事業税が課されます。国税庁「タックスアンサー No.5759 法人税の税率」で整理されている通り、中小法人には所得800万円以下の部分に軽減税率の適用があります。事業税は社会保険診療報酬部分が非課税、自由診療部分が課税対象という取扱いが基本です。租税特別措置法第26条(社会保険診療報酬の概算経費特例)は、社会保険診療報酬の額が5,000万円以下等の要件を満たす場合に適用され、共同経営でも法人単位の売上規模に応じて適用可否が判定されます。

任意組合型の税務(パススルー)

任意組合は法人格を持たないため組合自体に法人税は課されず、組合の損益は各組合員に按分され、各組合員が事業所得等として申告します(パススルー課税)。所得税は個人の累進税率、住民税・事業税も個人単位で計算されます。社会保険診療報酬部分については租税特別措置法第26条の概算経費特例の適用が個人単位で判定される点が医療法人型との違いです。組合の帳簿整備と組合員別按分計算の記録が申告実務の基本となります。

社会保険(健康保険・厚生年金)の適用

医療法人は、日本年金機構「適用事業所と被保険者」の整理では法人事業所として原則すべて適用事業所となり、理事・スタッフは健康保険・厚生年金の被保険者となります。個人事業として運営される任意組合型・グループ診療型では、常時5人以上のスタッフを雇用している場合に強制適用事業所となる取扱いが原則です。医師国保組合の継続加入は、法人化時に健康保険適用除外承認申請を経て可能な場合があり、組合規約と年金事務所への申請手続きを確認します。

労働保険・労務管理

スタッフを雇用する場合は労災保険と雇用保険への加入が必要です。厚生労働省「労働保険について」の整理では、労働者を1人でも雇用する事業は労災保険の適用となり、雇用保険は要件を満たす労働者について加入義務が発生します。医師本人は「事業主」または「役員」の位置づけで労災保険の適用対象外(または特別加入制度の対象)となります。労働条件通知書・就業規則・36協定等の労務書類は、雇用主が医療法人か個人組合員かで名義を整合させます。

よくある質問(FAQ)

Q1. 医師2名で共同開業するとき、医療法人と任意組合のどちらが有利ですか?

一概にどちらが有利とは言えず、事業規模・所得水準・分院展開の意向・承継計画・退社時清算のしやすさ等を総合評価して選択します。所得水準が高く役員報酬による所得分散と退職金スキームを重視する場合は医療法人型のメリットが顕在化しやすく、初期の柔軟性・パススルー課税による損益調整のしやすさを重視する場合は任意組合型が候補となります。税理士・行政書士と個別に試算・比較する流れが基本です。

Q2. 共同経営者間で意見が対立した場合、意思決定はどう進みますか?

医療法人型では社員総会・理事会の議決要件が定款で定められ、通常議案は過半数、重要議案は特別多数決とすることが一般的です。任意組合型では組合契約書の議決要件に従います。開業前に「日常業務は代表者判断」「一定金額以上の投資・借入・分院展開・スタッフ採用は全員一致等」のルールを合意し書面化します。デッドロック解消手続(第三者調停・脱退による離脱等)も契約書上で予め設計しておくと安全です。

Q3. 共同経営の医師の1人が病気で長期離脱した場合、収入補償はどうしますか?

共同経営者の長期離脱は、収入減額・停止と残る医師への診療負担集中の両面で課題となります。医療法人型では役員報酬の減額は事業年度中の変更が原則できず、業績悪化改定事由に該当するかの検討が必要です。所得補償保険・生命保険による退職金原資積立等の民間保険を、開業初期から共同で検討する運用が実務では見られます。

Q4. 診療科の異なる医師が共同経営する場合、医療広告の記載はどうなりますか?

診療所の広告は厚生労働省「医療広告ガイドライン」に基づき記載可能な事項が定められています。標榜可能な診療科は医療法施行令等で規定され、複数診療科を掲げる場合は届出内容と広告表記を整合させます。「専門医」表記は日本専門医機構等の認定制度に基づく資格でなければ広告できず、各医師の実際の認定状況を正確に記載する運用が求められます。医療広告違反は行政指導・是正命令の対象となるため、開院前にガイドライン適合を再確認します。

Q5. 共同経営を将来第三者へ承継(M&A)する場合、どのような選択肢がありますか?

医療法人型では、社員(理事)の交代・持分または基金の譲渡・法人合併等の選択肢があります。中小企業庁「中小M&Aガイドライン」では医療機関を含む事業承継の枠組みが整理されており、承継アドバイザーの活用・デューデリジェンス・買い手との条件交渉の流れが参照可能です。任意組合型では、組合員の交代・組合解散と新規診療所開設が組み合わされることが多く、開設許可の名義変更手続が並行して必要です。承継計画は早い段階から中長期視点で議論しておく運用が、清算時のトラブル回避に有効です。

出典・参考資料

• 厚生労働省「医療法人制度について」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000070495.html
• 厚生労働省「持分なし医療法人への移行計画認定制度」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/igyou/index.html
• 厚生労働省「医療広告ガイドライン」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/kokoku/index.html
• 厚生労働省「医療施設調査」 https://www.mhlw.go.jp/toukei/list/79-1.html
• 厚生労働省「労働保険について」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/roudouhoken/index.html
• e-Gov法令検索「医療法」 https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=323AC0000000205
• e-Gov法令検索「民法」 https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=129AC0000000089
• 国税庁「タックスアンサー No.5759 法人税の税率」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
• 国税庁「タックスアンサー No.5211 役員に対する給与」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5211.htm
• 国税庁「タックスアンサー No.5208 役員の退職金の損金算入」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5208.htm
• 国税庁「租税特別措置法第26条(社会保険診療報酬の所得計算の特例)」 https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/sochiho/01/26.htm
• 日本年金機構「適用事業所と被保険者」 https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/tekiyou/index.html
• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン」 https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/m_and_a_guideline.html

本記事は公開情報の整理を目的としており、個別案件の税務・法務・医療法務の判断を行うものではありません。共同経営の設計・契約書の作成・税務スキームの選択は、弁護士・税理士・行政書士・社会保険労務士等の専門家にご相談ください。

関連記事（mitoru編集部おすすめ）

• 医療法人 理事会・社員総会 運営完全ガイド
• 医療機関のフランチャイズ・グループ展開完全ガイド
• クリニック分院展開（多店舗化）完全ガイド